مقتل الأمريكي-اليمني أنور العولقي، ملهم تنظيم "قاعدة الجهاد في جزيرة العرب"، خلال غارة شنتها في اليمن طائرات أمريكية بلا طيار، ودمرت أيضاً قيادة تنظيم القاعدة الذي انكفأ إلى باكستان. التنظيم يواجه ضائقة مالية، لكن فروعه تنشط في إفريقيا (منطقة الساحل والصومال...) وفي دول شرق أوسطية.

في يوم ذكرى اعتداءات 11 أيلول/ سبتمبر الدموية، هاجمت مجموعات مسلحة يرتبط البعض منها بالقاعدة، القنصلية الأمريكية في بنغازي شرق ليبيا، ما أسفر عن مقتل السفير وثلاثة موظفين في القنصلية.

فيما ألهبت احتجاجات على فيلم أُنجز في الولايات المتحدة منطقة الشرق الأوسط، استهدف هجوم السفارة الأمريكية في تونس (مقتل 4 متظاهرين)، وأُلقيت المسؤولية على أنصار مسؤول سابق في القاعدة، هو التونسي سيف الله بن حسين.

بعد أقل من يوم على الهجوم دعا تنظيم القاعدة إلى مواصلة الهجمات على المصالح الأمريكية.

أدى تدخل فرنسا وحلفاؤها الأفارقة في مالي إلى إخراج القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي من منطقة نفوذها في الشمال. وفي 16 كانون الثاني/ يناير، هاجمت مجموعة موالية منشأة للغاز في الجزائر، حيث قُتل نحو 40 شخصاً و29 مهاجما. وبعد تموز/ يوليو 2014، وسعت فرنسا عمليتها في الساحل فباتت تشمل موريتانيا ومالي وبوركينا فاسو والنيجر وتشاد.

بايعت جبهة النصرة، وهي إحدى فصائل المعارضة في سوريا، تنظيم القاعدة، لتصبح بذلك قطباً كبيراً ويده الضاربة في الحرب الأهلية بسوريا.

أعلن تنظيم "داعش" المنبثق من القاعدة في العراق من جانب واحد إقامة الخلافة، ما زاد من حدة التنافس بين التنظيمين. وفي مطلع أيلول/ سبتمبر 2014 أعلن الظواهري فرعاً جديداً هو "القاعدة في شبه القارة الهندية" الذي يغطي أفغانستان وباكستان والهند وبنغلاديش وبورما.

أسفر اعتداء على مجلة شارلي ايبدو الأسبوعية الساخرة في باريس عن مقتل 12 شخصاً، وأعلن تنظيم "قاعدة الجهاد في جزيرة العرب" مسؤوليته عنه.

بعد الهجوم الدامي في باريس، دعا الظواهري إلى شن هجمات جديدة ضد البلدان الغربية والأفراد أيضا. محمد مراح، قتل في فرنسا في 2012 سبعة أشخاص، منهم ثلاثة أطفال ومعلم يهودي وثلاثة جنود. كما قام الأخوان تسارناييف في الولايات المتحدة الأمريكية بقتل ثلاثة أشخاص في بوسطن في 2013. سمي مراح وتسارناييف بأنهم "مقاتلين في القاعدة".

سيطر تنظيم القاعدة في جزيرة العرب على المكلا كبرى مدن محافظة حضرموت اليمنية، ولم تتمكن القوات الحكومية المدعومة سعودياً من طرده إلا بعد سنة. وإثر تدخل تحالف سني في آذار/ مارس بقيادة السعودية ضد الحوثيين، استفاد التنظيم من أعمال العنف لتعزيز سيطرته في الجنوب والجنوب الشرقي. لكن غارة أمريكية أدت إلى مقتل 71 من عناصره هناك نهاية آذار/ مارس 2016.

بايع الظواهري الزعيم الجديد لطالبان الملا اختر منصور بعد الإعلان عن وفاة الملا عمر. وتحرز طالبان الحليف التاريخي للقاعدة تقدماً في عدة مناطق من أفغانستان.

دعا الظواهري إلى وحدة الجهاديين من تركيا حتى المغرب العربي، مكرراً في الوقت نفسه رفضه الخلافة التي أعلنها تنظيم "داعش".

القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي شنت مجدداً هجوماً في مالي، أسفر عن مقتل 20 شخصاً في باماكو، ثم في كانون الثاني/ يناير وفي آذار/ مارس 2016 في بوركينا فاسو بغرب إفريقيا (30 قتيلاً في واغادوغو) وفي ساحل العاج (19 قتيلاً).