قام مجهولون في 6 أبريل/ نيسان سنة 1994 بإطلاق صاروخ على طائرة الرئيس جوفينال هابياريمانا، رئيس رواندا آنذاك، عند اقترابها من العاصمة الرواندية كيغالي. وهو ما أدى إلى مقتل هابياريمانا ونظيره البوروندي وثمانية ركاب آخرين. بعد ذلك بدأت المذابح، التي امتدت إلى ثلاثة أشهر، ما أسفر عن مقتل حوالي 800 ألف شخص.

بعد مقتل الرئيس، شن متطرفون من جماعة الهوتو حملة إبادة ضد الأقلية من جماعة توتسي. وقد استخدم مقاتلو جماعة الهوتو، التي تمثل الأغلبية في رواندا، مختلف الأسلحة وأشكال العنف لتصفية أعدائهم السياسيين. ويذكر أن رئيسة الوزراء Agathe Uwiringiymana كانت من أولى ضحايا هذه المجزرة في السابع من أبريل/ نيسان 1994.

في الوقت، الذي كان يقتل فيه آلاف الروانديين في كيغالي وغيرها من المناطق، قامت القوات الخاصة البلجيكية والفرنسية بإخلاء حوالي 3500 من الأجانب، الذين كانوا يعيشون في رواند. كما تمكن مظليون بلجيكيون في 13 أبريل/ نيسان من إنقاذ سبعة من الموظفين الألمان، التابعين لمؤسسة دويتشه فيله الإعلامية وعائلاتهم في كيغالي. غير أنه قد تم إنقاذ 80 فقط من أصل 120 من الموظفين المحليين من بطش المقاتلين.

القائد الكندي لقوات حفظ السلام روميو دالير كان على علم بمخطط الإبادة منذ مطلع سنة 1994. ولكن رسالته التحذيرية المعروفة باسم "فاكس الإبادة الجماعية" في 11 يناير/ كانون الثاني، تم تجاهالها من قبل الأمم المتحدة. وحتى نداءاته اللاحقة لرئيس قوات حفظ السلام التابعة للأمم المتحدة، كوفي عنان، بقيت غير مسموعة، حيث لم تحرك قوات حفظ السلام ساكنا لوضع حد لتلك المأساة.

إذاعة ميل كولين (RTLM) وصحيفة كنغورا الأسبوعية ساهمت أيضا في التحريض على كراهية وقتل جماعة التوتسي، فقد قامت صحيفة كنغورا سنة 1990 بنشر مقال عنصري بعنوان "الوصايا العشر للهوتو". ومن جهته كان راديو ميل كولينز يدعو يوميا لمطاردة وقتل التوتسي. فيلم المخرج ميلو راو بعنوان "راديو الكراهية" يبرز مظاهر مساهمة الإعلام الرواندي في نشر الكراهية والتحريض على القتل.

في كيغالي، قام Paul Rusesabagina بتوفير مأوى آمن لأكثر من 1000 شخص في فندق دي ميل كولين. فبعد أن غادر المدير البلجيكي البلاد، قام Rusesabagina بتولي مهامه في الفندق. وباستخدام الكثير من الكحول والمال، استطاع أن يوقف ميليشيات الهوتو من قتل اللاجئين. ولكن في العديد من المخابئ الأخرى، لم يسلم الضحايا من بطش المقاتلين.

حتى الكنائس لم تكن مأوى آمنا للهاربين، حيث قتل حوالي 4000 من الرجال والنساء والأطفال في كنيسة بالقرب من كيغالي، وذلك باستخدام الفؤوس والسكاكين والمناجل. وتعتبر هذه الكنيسة في الوقت الحالي واحدة من بين العديد من النصب التذكارية، التي توثق لهذه الحقبة التاريخية المظلمة. الجماجم والعظام البشرية وثقوب الرصاص على الجدران تذكر أيضا بجرائم الإبادة الجماعية.

تحافظ فرنسا على علاقات وثيقة مع نظام الهوتو. فعندما قام المتمردون من الجبهة الوطنية الرواندية بمواجهة مرتكبي الإبادة الجماعية تدخلت القوات الفرنسية. وهو ما أدى إلى فشل الجبهة في الحفاظ على تقدمها وانتصاراتها. فقد ساعدت فرنسا الميليشيات المسؤولة عن الإبادة الجماعية على الفرار بأسلحتهم إلى جمهورية الكونغو الديمقراطية (زائير سابقا)، حيث يشكلون حتى اليوم تهديدا حقيقيا لأمن رواندا.

هرب ملايين الروانديين من التوتسي والهوتو خلال هذه المرحلة إلى الدول المجاورة، وعلى رأسها تنزانيا وأوغندا وزائير، التي استقبلت حوالي مليوني لاجئ . هذا في حين أسس الأعضاء السابقين في الجيش والمسؤولين عن حرب الإبادة ما يسمى بالقوات الديمقراطية لتحرير رواندا، والتي تهدد حتى يومنا هذا استقرار وأمن شرق الكونغو.

أمام كنيسة "العائلة المقدسة" في كيغالي، قام المتمردون من الجبهة الوطنية الرواندية في 4 يوليو/ تموز 1994 بدوريات حراسة، بعد أن تمكنوا من تحرير معظم أنحاء البلاد وإجبار مسؤلي الإبادة على الهرب. ولكن نشطاء حقوق الإنسان يشتكون أيضا من ارتكاب المتمردين أنفسهم لجرائم مماثلة، لم يحاسبوا عنها حتى الآن.

أعلن اللواء بول كاغامي، زعيم الجبهة الوطنية الرواندية في 18 يوليو/ تموز 1994 عن نهاية الحرب ضد القوات الحكومية. وذلك بعد أن سيطر المتمردون على العاصمة والمدن الرئيسية الأخرى. بعدها قاموا بتشكيل حكومة مؤقتة. ومنذ سنة 2000 يشغل كاغامي منصب رئيس البلاد.

استمرت الإبادة الجماعية حوالي ثلاثة أشهر، تمت فيها عمليات قتل وحشية، حيث ألقيت أجزاء من جثث الرضع والأطفال والبالغين وكبار السن في الشوارع. ولا تزال آثار الإبادة الجماعية باقية إلى اليوم، حيث تركت الإبادة الجماعية رواندا مدمرة، وخلفت مئات الآلاف من الناجين الذين يعانون من الصدمات النفسية وندوبا تطبع أجسادهم.