يُزرع ميكروبيوم الشخص السليم مع البراز. فبعد أن يُعالج البراز سريريًا، يُعطى للمريض. يمكن عبر هذه الطريقة في غضون أيام، علاج الالتهابات المعوية الشديدة كالتهاب القولون الحاد.