اللجوء في الكنائس المسيحية يمثل لكثيرين من طالبي اللجوء في ألمانيا الملاذ الأخير، حين تقرر السلطات الألمانيةأن ترجعهم إلى بلادهم، اما بالنسبة للكنائس نفسها فهو يمثل نوعاً من العصيان المدني. وقد ارتفع بشكل كبير عدد اللاجئين الذين وجدوا لدى الطوائف والكنائس ملجأً لهم، حيث يوجد الآن 411 لاجئ موزعين على 226 كنسية في ألمانيا. لكن السلطات الألمانية تنتقد الكنائس وتتهمها بأنها تبالغ في تطبيق التعاليم المسيحية التي تقضي بمساعدة الضعفاء وحمايتهم. بل وتتهم الحكومة الكنائس أيضاً بأنها تشبه في تصرفها هذا الطوائف الإسلامية التي تسعى لتطبيق الشريعة الإسلامية في ألمانيا، خالقة بذلك حيزاً لا يخضع لقوانين الدولة.