نظمت الجزائر بطولة كأس أمم أفريقيا لأول مرة في تاريخها عام 1990، و ضرب ثعالب الصحراء موعدا مع اللقب الأول في تاريخهم بعد فوز زملاء رابح ماجر في المباراة النهائية على نيجيريا بهدف نظيف.

نهائي مجنون ذلك الذي احتضنه ملعب الصداقة في العاصمة السنغالية داكار بين منتخبي كوت ديفوار وغانا. هذا النهائي انتهى بأطول ركلات ترجيح في تاريخ بطولة كأس أمم أفريقيا. 22 ركلة كاملة حُسمت بنتيجة 11ـ 10. في تلك الليلة، فازت كوت ديفوار بلقبها القاري الأول.

نسخة 1994 شهدت صعود جيل ذهبي لنيجيريا. رفقاء راشيدي ياكيني تربعوا على عرش أفريقيا بعد فوزهم على منتخب زامبيا بهدفين لهدف واحد في المباراة التي احتضنها ملعب المنزه في العاصمة تونس. تتويج نيجيريا الثاني باللقب القاري مهد لسنوات من الهيمنة للنسور الخضر.

جنوب أفريقيا تتوّج على أرضها في بطولة استثنائية على حساب المنتخب التونسي. ومنديلا يُسلّم الكأس في صورة بقيت خالدة. أقيمت البطولة في جنوب إفريقيا بعد نهاية نظام الفصل العنصري (الأبارتايد)، وكانت هذه أول بطولة تقام في البلاد بعد التحرر، ما أعطاها بعدا سياسيا أيضا. شهدت البطولة مشاركة 16 منتخبا للمرة الأولى في تاريخ كأس أمم إفريقيا، بعد أن كانت تقتصر سابقا على 12 منتخبا.

في كأس أمم إفريقيا 1998 التي أقيمت في بوركينا فاسو، حقق المهاجم الجنوب إفريقي بيني ماكارثي إنجازا لا يُنسى أمام منتخب ناميبيا، عندما سجل أربعة أهداف خلال 13 دقيقة فقط. إنجاز ماكارثي لم يكن مجرد تفوق فردي، بل أصبح أحد أسرع رباعيات الأهداف في تاريخ البطولة الإفريقية، وأحدث صدمة وإعجابا كبيرين في القارة كلها.

في نهائي بطولة كأس أمم إفريقيا 2000 التي أُقيمت بشكل مشترك بين غانا ونيجيريا، والذي جمع بين منتخبي نيجيريا صاحب الأرض والكاميرون، مرّ الحكم التونسي مراد الدعمي بموقف محرج عندما لم يجد بطاقاته أثناء سير اللعب. وبعد انتهاء المباراة 2-2، حُسم اللقب بركلات الترجيح وسط جدل تحكيمي كبير بعدما سدد النيجيري فيكتور إيكيبّا كرة ارتطمت بالعارضة ثم نزلت داخل المرمى قبل أن تخرج، لكن الحكم رفض احتسابها هدفا.

توجت الكاميرون بطلة لكأس أمم أفريقيا 2002 في مالي، محققة لقبها الرابع في التاريخ دون أن تهتز شباكها بأي هدف طوال البطولة. وفي ذات النسخة، ظهرت الأسود غير المروضة بقميصهم الشهير دون أكمام، وهو المظهر الذي أصبح علامة بارزة في تاريخ المنتخب الكاميروني.

خطف سانتوس المهاجم البرازيلي الذي تم تجنيسه للعب مع منتخب تونس الأضواء في بطولة كأس أمم أفريقيا 2004، وسكن قلوب الجماهير التونسية. وكانت أهدافه الأربعة مفتاح تتويج تونس التاريخي على أرضها وأمام جمهورها على حساب المنتخب المغربي.

شهدت كأس إفريقيا 2006 في مصر خلافًا بين ميدو ومدربه حسن شحاتة خلال نصف النهائي ضد السنغال، بعد استبداله في الدقيقة 78. انفعال ميدو وتبادل الكلمات الحادة مع المدرب اضطر زميله حسام حسن للتدخل، وسط توتر وزيادة ضغوط الجمهور على اللاعب. خلال هذه النسخة فاز الفراعنة باللقب بركلات الجزاء أمام كوت ديفوار ليعلن عن ميلاد جيل ذهبي حصل أيضا على نسختي 2008 و2010 محققا إنجازا فريدا في تاريخ البطولة.

كرة غريبة غيرت مسار المباريات والنتائج شكلا ومضمونا في بطولة كأس أمم أفريقيا التي نظمتها غانا عام 2008. اللاعبون والحراس اشتكوا و تأقلموا على مضض مع الكرة التي وصفت بخفتها. بطولة لعبت فيها الكرة التي حملت اسم "واوا آبا" دور البطولة.

على الرغم من تسجيله هدفين فقط في نسخة كأس أمم إفريقيا 2010 التي أقيمت في أنغولا، إلا أن إيتو دخل تاريخ البطولة بكل قوة، بعدما أصبح الهداف الأسطوري للكان برصيد 18 هدفا، حاملا الرقم القياسي الذي جعل اسمه خالدا في ذاكرة الكرة الإفريقية.

حققت زامبيا لقبا تاريخيا في نسخة 2012 لكأس أمم أفريقيا التي أقيمت في غينيا وغينيا الاستوائية. وأهدى لاعبو زامبيا اللقب لروح ضحايا الطائرة التي تحطمت عام 1993. والتي كان على متنها لاعبو المنتخب الزامبي. دموع اللاعبين كانت أصدق من كل الكلمات.

خلال بطولة كأس أمم إفريقيا 2015 في غينيا الاستوائية، عاد منتخب الكونغو الديمقراطية من تأخره 0-2 ليحقق الفوز 4-2 أمام منتخب الكونغو برازافيل، واحتفل حارس المرمى روبرت كيديابا برقصته الشهيرة "رقصة المؤخرة" (bum dance)، التي جعلته مشهورا عالميا وجذبت الانتباه بأسلوبه الفريد والفكاهي.

شهدت كأس أمم إفريقيا 2019 في مصر أول ظهور لتقنية الفيديو ( VAR) في تاريخ البطولة، حيث تم استخدامها ابتداءً من دور ربع النهائي. تقنية الفيديو شكلت خطوة مهمة نحو تحديث التحكيم في كرة القدم الإفريقية، وجعل المباريات أكثر عدلاً واحترافية.

أثناء مباراة تونس ضد مالي في كأس أمم إفريقيا 2021 بالكاميرون، أطلق الحكم الزامبي جاني سيكازوي صافرة النهاية مبكرا مرتين، مما أثار جدلا واسعا. وأوضح لاحقا أن السبب كان تعرضه لضربة شمس وإرهاق شديد بسبب الحرارة المرتفعة، ما أثر على تركيزه وأدائه، ودفع الأطباء إلى نقله للمستشفى بعد المباراة. هذه الحادثة أصبحت واحدة من أغرب الأحداث التحكيمية في تاريخ البطولة.

بعد صراع مع السرطان، عاد سيباستيان هالر إلى منتخب ساحل العاج في كأس أمم إفريقيا 2023، ليصبح رمزًا للأمل ويقود فريقه نحو التتويج باللقب القاري، مؤكداً أن الإرادة والشجاعة تصنعان اللحظات الخالدة.