Когато през април 2000 година Ганджи влиза в техеранския затвор “Евин”, мнозина предполагат, че той никога няма да излезе оттам жив. Със своите разследвания журналистът доказва, че зад убийствата на опозиционни лидери в страната стои иранското ръководство. Вкарването му в затвора е трябвало да му затвори устата, ако не по убеждение, тогава принудително чрез изолация и забрава.

Но вместо да бъде отписан и забравен, редица правозащитни организации и известни личности започват битка за неговото освобождаване. През март 2006 година, след прекарани 6 години в затвора, повечето от които в единична килия, Акбар Ганджи бива освободен. Веднага след това той отново привлича международното внимание върху състоянието на човешките права в Иран, след като изпраща отворено писмо до генералния секретар на ООН Бан Ки Мун:

“В писмото си описах положението на феминистките, учителите, синдикалистите, представителите на етническите и религиозните малцинства, на интелектуалците и политическите затворници. Обърнах особено внимание на положението на интелектуалците, които са лишени дори от елементарно човешко право за физическа неприкосновеност. Аз настоях за незабавното им освобождаване.”

Светът се е вторачил в ядрената програма на Иран, и почти никой не се интересува от въпроса за човешките права, твърди иранският журналист. След освобождаването му от затвора той предприема обиколка в Европа и Америка с цел да прикове вниманието на международната общност върху извършваните нарушения на човешки права в родината му, и за да набере подкрепа за опозицията. Междувременно отвореното писмо до Бан Ки Мун на Ганджи е подписано от повече от 200 интелектуалци от цял свят.

“Само тясно взаимодействие със западните общества може да направи възможен прехода към демокрация в Иран”, заяви Ганджи преди около година от трибуната на Европейския парламент. Но не и по начина, който сега това се лансира – със затягане на режима на санкции или чрез военни действия, подчертава в писмото си Ганджи:

“Всички ние, подписали се под писмото, сме на мнение, че една военна операция срещу Иран под ръководството на САЩ няма да е правилното решение. Също и отпуснатите от Вашингтон 75 млн. долара за насърчаване на демокрацията в Иран няма да осъществят прехода към демокрация. В тези действия иранското ръководство вижда само нов претекст за разправа с опозицията”.

Ганджи обаче отива и по-далеч. Той състави манифест, в който описва модела на един демократичен Иран. Същевременно Ганджи е един от малкото ирански интелектуалци, които търсят причините за сегашното състояние в страната не само у режима, но и у самия народ. Той знае, че в Иран доверието към западните правителства е изключително слабо, затова:

“Нашият призив към Обединените нации е подкрепен от интелектуалци от цял свят, т.е. от хора, които нямат икономически интерес в Иран, не се интересуват от иранския петрол. Това кара много хора в Иран да се замислят. Ние смятаме, че Обединените нации разполагат с достатъчно власт, за да инициират мирни промени в Иран. Но не чрез МААЕ, а чрез останалите организации, с които да засилят натиска върху правителството в Техеран. Така в Иран може да се стигне до едно ново всеобщо движение.”

Под призива на Ганджи са се подписали много известни личности, вкл. германският философ Юрген Хабермас, който се ползва с огромно доверие в самия Иран. Акбар Ганджи го посети в Германия:

“Юрген Хабермас е най-известният съвременен интелектуалец. Винаги съм се учил от него. Той, но и всички останали, подписали се под писмото ми, могат да обърнат вниманието на собствените си правителства към проблема с нарушенията на човешките права в Иран. Това е важна предпоставка за демократизирането на иранското общество. Ако успеем да направим тази първа стъпка, това ще облекчи сериозно пътя ни по-нататък.”

Сред международните отличия за иранския журналист фигурира и наградата “Златното перо” на Световния съюз на издателите на списания за 2006 година.