Посещението на т.нар.“Синя джамия” в Истанбул беше и първото посещение на Бенедикт 16 в мюсюлмански храм. Редом до главния мюфтия на Истанбул папата заяви, обърнат с поглед към Мека: “Да се помолим за братството и за цялото човечество”.

Именно този епизод, както и посещението му малко преди това в бившата византийска църква „Hagia Sophia“ се превърнаха в кулминацията на 4-дневната визита на папата в Турция. Те се проведоха при изключително строги мерки за сигурност. Преди това в разговор с Вартоломей Първи – духовният водач на 300 млн. православни християни по света, беше постигнато съгласие за по-нататъшно сближаване на двете църкви. Посещението на папата в Турция приключва в петък със служба в катедралата “Свети дух” в Истанбул.

След речта на Бенедикт 16-ти в Регенсбург, в която той говори за исляма и насилието, и която предизвика гнева на милиони мюсюлмани по света, посещение на папата в “Синята джамия” е жест към мюсюлманите и знак за желание за помирение с тях. Тази част от визита на папата беше включена в програмата му в последния момент. На мюфтията на Истанбул папа Бенедикт 16-ти подари картина с гълъба на мира. “Този дар е послание за братство и спомен от една посещение, които за със сигурност няма да забравя”, каза папата. Той става вторият глава на римокатолическата църква, който е влизал в ислямски религиозен храм. Неговият предшественик папа Йоан Павел Втори посети през май 2001 година джамията „Omajjaden“ в Дамаск. По думите на Бенедикт 16-ти “това посещение трябва да помогне, с общи усилия да бъде намерен пътят към мира и благото на човечеството”.

Преди обяд по време на православна служба в патриаршеството на Константинопол Бенедикт 16-ти предложи на православните духовни водачи “братски диалог”. Това се възприема като важна стъпка, тъй като настояването на Рим за върховенство над целия християнски свят е най-голямата пречка пред обединението на двете църкви – католическата и православната. Това разделение, т.нар. схизма, датира от преди 1 000 години. По думите на Бенедикт, “разделението на християните е скандал за света и пречка за разпространението на евангелизма”.

Бенедикт 16-ти и Вартоломей подписаха съвместна декларация, чиято цел е възстановяването на единството.

Папата се срещна и арменския патриарх Месроб Втори в знак на признание към страданията на арменския народ по време на геноцида срещу арменците.