Ajatolah zapravo nije politička nego vjerska funkcija, ali u teokraciji Irana je to osoba koja odlučuje praktično o svemu. Tu ima velikih sličnosti s nekadašnjom Papinskom državom, a jednostavno je nezamislivo da ajatolaha nema: šiitski muslimani Irana vjeruju kako bi u neko doba trebao opet doći 12. Imam (Muhamed al-Mahdi), krvni nasljednikMuhamedove kćerke Fatime i njenog muža Alije. A budući da ga (još) nema, razvijen je sustav velayat‑e faqih, gdje  vjerski učenjak (faqih) privremeno preuzima upravljanje dok se Imam ne vrati.

Nakon smrti ajatolaha, novog Vrhovnog vođu bira Skupština stručnjaka, tijelo od 88 šiijitskih klerika. Ti klerici se biraju na izborima svakih osam godina, ali kandidature mora odobriti Vijeće čuvara (Šurá-je negahbán), koje redovito uklanja umjerenije kandidate.

Kandidat mora biti vrhunski islamski pravnik (fakih) s „visokim moralnim i političkim kvalifikacijama", prema iranskom ustavu (članak 109). No praksa pokazuje da se daje prednost onima koji imaju političku pouzdanost unutar režima, a ne nužno najveći stupanj učenosti – što se vidjelo već i kod izbora Hamneia.

Sve kontrolira Revolucionarna garda

Opet slično kao kod izbora pape kod katolika, „Skupština stručnjaka" se sastaje iza zatvorenih vrata, razmatra potencijalne kandidate i izabire novog vođu. Proces je i tamo izrazito netransparentan i pod utjecajem sigurnosnih struktura, posebno Revolucionarne garde.

No i prije nego što novi ajatolah bude izabran, na čelo vjernika – a u Iranu to znači i na čelo države, ustav predviđa privremeno vodstvo, obično tročlano i koje bi se trebalo sastojati od predsjednika države (ra'is džomhur), čelnika pravosuđa (reis-e kaze) i jednog člana Vijeća čuvara kojeg imenuje „Vijeće za razboritost" (Madžma'-e teşhis-e maslahat). I to je upravo sada slučaj

Već i sastav 88 šiijtskih klerika koji će birati nasljednika Hamneia bi teško mogao značiti da bi nasljednik mogao biti liberalniji – ili barem pragmatičniji, a još je manje vjerojatno da bi na nekog vođu spremnog na više ustupaka Zapadu mogla pristati Revolucionarna garda koja ima golem utjecaj na postupak izbora. Jer teokracija Irana nije tek ajatolah Hamnei, to je čitav sustav koji se već iz vjerskih pravila ne može ukloniti likvidacijom samo jedne osobe.