Uz Angelu Merkel na poziciji kancelara, i Stoibera na mjestu ministra privrede i tehnologije, predvidjeno je da Wolfgang Schauble doje na mjesto ministra unutrasnjih poslova, a Franz Josef Jung, na mjesto ministra obrane. Annete Schawan preuzeti ce ministarstvo Istrazivanja i obrazovanja, a Ursula von der Leyen ministarstvo obitelji. Najvise problema bilo je oko imenovanja buduceg ministra poljoprivrede i zastite potrosaca. Dok je Stoiber zelio da na to mjesto dodje njegov dosadasnji zamjenik u Bavarskoj, Horst Seehofer, Merkel je to pokusala izbjeci, buduci da je u proslosti Seehofer bio jedan od njenih najzescih kriticara iz vlastitih redova. Stoiber je svoju volju ipak uspio nametnuti, naglasavajuci koliko je to ministarstvo vazno za Bavarsku. O svom odnosu prema kolegama iz sestrinske Demokrscanske Unije Seehofer je rekao da je bolje no sto novine pisu:

Istovremeno je i generalni sekretar Unije, Volker Kauder naglasio da njegova stranka ne strahuje od mogucih iznenadjenja iz Bavarske:

"Horst Seehofer dio je demokrscanskog tima i on ce djelovati disciplinirano. Nema niokakvog razloga za bilo kakve spekulacije. To ce se jasno vidjeti."

….izjavio je Volker kauder, generalni sekretar Demokrscanske Unije o vjerovatnom novom saveznom ministru poljoprivrede i zastite potrosaca, Horstu Seehoferu.