Im Dezember 1959 wird die Synagoge in Köln zum Angriffsziel der rechtsextremen Reichspartei DRP. Zwei ihrer Mitglieder malen Hakenkreuze und den Schriftzug "Deutsche fordern: Juden raus" auf das Gebäude. Es folgt eine Welle antisemitischer Schmierereien im ganzen Land. Die Täter werden verurteilt. Unter dem Eindruck der Vorfälle verabschiedet der Bundestag das Gesetz gegen Volksverhetzung.

Der Anschlag auf die Synagoge in Lübeck im März 1994 löst weltweites Entsetzen aus. Zum ersten Mal seit Jahrzehnten steht wieder eine Synagoge in Brand. Die Täter: vier Männer aus dem rechtsradikalen Milieu - alle werden verurteilt. Am Folgetag gehen 4000 Lübecker unter dem Motto "Lübeck hält den Atem an" auf die Straße. 1995 wird die Synagoge erneut Opfer eines Brandanschlags.

Mit Pflastersteinen bewaffnet attackieren im Oktober 2000 über 100 Palästinenser aus dem Libanon die Alte Synagoge in Essen. Der Vorfall ereignet sich nach einer Demonstration gegen "die Gewalt in Nahost". Bis auf einen Polizeibeamten wird niemand verletzt. Der stellvertretende Generaldelegierte Palästinas in Deutschland, Mahmud Alaeddin, distanziertsich klar von dem Angriff.

Mit Brandsätzen und Steinen beschädigen im Oktober 2000 ein 19-jähriger Palästinenser und ein 20-jähriger Marokkaner die Neue Düsseldorfer Synagoge. Ihre Tat sei ein Racheakt gegen Juden und den Staat Israel gewesen. Bundeskanzler Schröder reagiert mit den Worten: "Wir brauchen einen Aufstand der Anständigen (...)". Bund, Länder und NGOs initiieren daraufhin zahlreiche Aktionen gegen Extremismus.

Kurz nach ihrer Einweihung wird in der Nacht vom 30. auf den 31. Oktober 2010 ein Brandanschlag auf die Neue Synagoge Mainz verübt. Bekannt ist das Gebäude wegen seines aufsehenerregenden dekonstruktivistischen Entwurfs von Architekt Manuel Herz. Der Neubau befindet sich am Standort der früheren Mainzer Hauptsynagoge, die in der Reichspogromnacht 1938 in Brand gesteckt worden war. 

Drei junge Palästinenser werfen im Juli 2014 Brandsätze gegen die Eingangstür der Synagoge in Wuppertal. Ein Gericht urteilt jedoch: Es gebe "keinerlei Anhaltspunkte", dass die jungen Männer antisemitisch eingestellt seien. Juden in Deutschland sowie ausländische Medien sind empört. Der Vorsitzende der Jüdischen Gemeinde Wuppertal erklärt, dies sei "eine Einladung zu weiteren Straftaten".

Erst am 4. Oktober klettert in Berlin ein Mann über die Absperrung der Synagoge in der Oranienburger Straße und zückt ein Messer. Das Sicherheitspersonal kann den Angreifer überwältigen. Sein Motiv ist noch unklar. 1943 wurde die Synagoge in Berlin durch Bomben zerstört. Die Ruine der großen Synagoge wurde 1970 abgetragen, der Vorderbau in den 1990er Jahren wiederhergestellt.

Rund 80 Menschen befinden sich am 9. Oktober 2019 in der Synagoge in Halle, als ein Attentäter sie zu stürmen versucht. Laut Polizei werden dabei zwei Passanten erschossen, mehrere werden verletzt; der Attentäter wird kurz danach festgenommen. Der mutmaßliche Täter soll ein 27-jähriger Deutscher mit rechtsextremistischem Hintergrund sein. Dies ist nicht die erste antisemitische Tat nach 1945.