Zebec fue presentado como entrenador del Bayern en julio de 1968. En su temporada de debut logró el doblete por primera vez en la historia de la Bundesliga. Sin embargo, después todo cambió y los bávaros fueron eliminados en primera ronda de la Copa de Europa. Zebec dijo que no renovaría su contrato, aunque a media temporada fue despedido tras una serie de tres partidos sin triunfos.

Después de que Franz Beckenbauer asumiera la presidencia del club, Trapattoni llegó a Múnich en 1994, con los bávaros esperanzados en que el extécnico de Juventus pudiera repetir su gran campaña con los italianos en tierras bávaras. Sin embargo, Trapattoni terminó la temporada sin trofeos, razón más que suficiente para sacarlo. Un año después volvió y ganó la Bundesliga y la Copa Alemana.

Llegó a Bayern Múnich en julio de 1995. Tras una serie de adquisiciones que incluyó a estrellas como Jürgen Klinsmann y Andreas Herzog, la expectativa era alta y lo mínimo que pedían en Baviera era la Bundesliga. Pero no fue así. Rehhagel ni siquiera terminó su primer año al mando del equipo y fue despedido cuatro días antes de que Bayern jugara el primer partido de la final de la Copa UEFA.

Tras una notable campaña con Stuttgart, Magath fue oficialmente presentado como técnico del Bayern Múnich en julio de 2004. Si bien sus dos primeras temporadas fueron buenísimas, con dos dobletes (Bundesliga y Copa Alemana) consecutivos, la de los años 2006/2007 fue bastante decepcionante. En enero de 2007 Bayern iba cuarto y Magath se tuvo que ir.

El exdelantero asumió en Bayern tras un exitoso paso como entrenador de la selección. Por ello, y por los revolucionarios métodos que usó allí, las expectativas eran elevadas. Pero no hubo caso. En abril de 2009 fue despedido, cuando aún faltaban cinco partidos para el término del torneo y el equipo marchaba tercero. El legendario Philipp Lahm califica la campaña de Klinsmann como un "fracaso".

Tras la salida de Klinsmann, la jerarquía del Bayern determinó que era necesario buscar experiencia. Y la halló en Van Gaal. En su primera temporada, el holandés hizo el doblete y solo perdió la final de la Champions League ante el Inter de Milán de José Mourinho. El segundo año fue menos glorioso, tanto que Van Gaal quedó sin empleo cuando Bayern remató cuarto en la tabla.

Ancelotti llegó al Bayern en julio de 2016 con la difícil tarea de reemplazar a Pep Guardiola. El italiano ganó la Bundesliga en su primera temporada, aunque el equipo no mostraba el brillo de antaño. Y tras sufrir la mayor derrota de la historia del Bayern en la fase de grupos de la Champions ante el PSG (3-0), Ancelotti fue obligado a cerrar la puerta por fuera.