El 31 de marzo de 2016, el presidente turco Recep Tayyip Erdogan presentó una demanda contra el humorista alemán Jan Böhmermann por su poema satírico sobre el líder turco. Los fiscales alemanes retiraron finalmente los cargos el 4 de octubre de 2016, pero el caso desató una disputa diplomática entre Berlín y Ankara.

El 2 de junio de 2016 el Parlamento alemán aprobó una resolución que reconocía el genocidio armenio de 1915. Turquía convocó a su embajador en Berlín, y la comunidad turca de Alemania protestó. Turquía criticó el uso del término genocidio para describir los asesinatos armenios de la era otomana, argumentando que se había aumentado el número de muertes, y que también fallecieron musulmanes turcos.

El 15 de julio de 2016, una facción del Ejército turco intentó derrocar al presidente Recep Tayyip Erdogan, pero fracasó. Ankara acusó a Berlín de no tomar una posición clara contra dicho intento de golpe de Estado o de no hacer nada con respecto al predicador exiliado Fethullah Gülen, a quien Erdogan culpó de orquestar el fallido golpe de Estado.

Inmediatamente después del intento de golpe de Estado, las autoridades turcas efectuaron una purga en el Ejército y el poder judicial, con miles de detenidos. La purga se amplió para incluir a los funcionarios públicos, universitarios y maestros. Los políticos alemanes criticaron las detenciones. Diplomáticos, académicos y militares turcos huyeron del país y solicitaron asilo en Alemania.

Manifestantes kurdos condenaron las represalias de Erdogan en varias manifestaciones masivas en la ciudad de Colonia. A menudo, en los mítines se pidió la liberación de Abdullah Öcalan, el líder encarcelado del Partido de los Trabajadores de Kurdistán (PKK), que Turquía considera como grupo terrorista. Ankara acusó a Berlín de no hacer lo suficiente para frenar las actividades del PKK.

El 14 de febrero de 2017, el periodista Deniz Yücel, corresponsal del periódico "Die Welt", fue detenido en Turquía. Otros ciudadanos alemanes, entre ellos, la periodista Mesale Tolu y el activista de derechos humanos Peter Steudtner, fueron también detenidos en ese país. Ankara los acusó de apoyar a organizaciones terroristas. Los tres ya han sido puestos en libertad.

Marzo de 2017: varias localidades alemanas impidieron que algunos ministros turcos celebraran mítines antes de un referéndum realizado en abril de ese año en Turquía con el fin de ampliar los poderes del presidente Erdogan. El líder turco acusó a Alemania de usar "tácticas nazis" contra ciudadanos turcos en Alemania.

El 30 de marzo de 2017, Berlín acusó a Turquía de espiar a cientos de presuntos partidarios y a más de 200 asociaciones y escuelas vinculadas al movimiento Gülen en Alemania. Desde entonces, los solicitantes de asilo turcos han acusado a los funcionarios que trabajan en la Oficina Federal de Inmigración de transmitir su información a medios de comunicación vinculados con el gobierno turco.

El 18 de agosto de 2017, Erdogan criticó a tres de los principales partidos políticos alemanes calificándolos de "enemigos de Turquía" y dijo a los turcos que viven en Alemania que no votaran por ellos en las elecciones generales. Se refería a la Unión Demócrata Cristiana (CDU), al Partido Socialdemócrata (SPD) y a Los Verdes. Merkel dijo que Erdogan estaba "entrometiéndose" en las elecciones.

4 de septiembre de 2017: la canciller alemana, Angela Merkel, dijo, durante un debate electoral, que creía que Turquía no debería convertirse en miembro de la Unión Europea. Además dijo que hablaría con otros líderes de la UE para poner fin a las negociaciones de adhesión de Ankara. En octubre, respaldó una medida para recortar fondos de la UE de preadhesión de Turquía.

El 20 de enero de 2018, el Ejército turco y sus aliados rebeldes sirios inciaron la "Operación Rama de Olivo" contra el enclave kurdo en Afrín, en el norte de Siria. La invasión fue criticada por los políticos alemanes, y provocó grandes protestas por parte de las comunidades kurdas en Alemania.

El 16 de febrero de 2018, Turquía ordenó la liberación del periodista turco-alemán Deniz Yücel después de haber estado encarcelado durante más de un año. Según los medios estatales turcos, Yücel fue liberado bajo fianza. La fiscalía pidió una sentencia de 18 años de cárcel para Yücel por cargos de "propaganda terrorista" e incitación "a la enemistad entre los pueblos".