Charpentier investiga en Brunswick nuevas estrategias para combatir las infecciones, algo que en las últimas décadas se hizo más difícil, ya que los patógenos causantes son cada vez más resistentes a los antibióticos. Emmanuelle Charpentier descubrió junto a otros científicos cómo funciona el, por así llamarlo, sistema inmunológico de las bacterias y cómo aprovechar este descubrimiento en la lucha contra las enfermedades infecciosas, por ejemplo en terapias génicas. Esta investigación sentó las bases para la que actualmente lleva a cabo.