En 2010, la declaración de inconstitucionalidad de segundo intento de reelección de Álvaro Uribe convirtió a Santos en candidato a la presidencia, que ganó en 2010. Como Uribe había logrado, con trucos ilegales probados por la Justicia, implantar la reelección, Santos pudo hacerse reelegir, aunque prometió abolirla. Lo cumplió. Este 7 de agosto entrega el mando y "se decará a ser abuelo".

Como ministro de Defensa, ejecutó los operativos militares más certeros contra las FARC. Tal es el caso de la muerte de alias el "Negro Acacio", alias "Martín Caballero", Raúl Reyes en la Operación Fénix la desmovilización de alias "Karina" y la liberación de la excandidata presidencial Íngrid Betancourt, tres estadounidenses y once militares y policías secuestrados en la llamada Operación Jaque.

Juan Manuel Santos deposita su voto en 2014, junto con su esposa, su hija y tres hijos. Su hija tuvo recientemente un bebé y Santos anuncia que se retirará de la política para ser lo que le corresponde: abuelo.

Los arhuacos son una etnia de la Sierra Nevada de Santa Marta, junto con koguis, wiwas y kankuamos. La protección de los pueblos indígenas y sus territorios fue una de las consignas del presidente Santos.Cuando ganó en 2010, "se posesionó" ante ellos y recibió un bastón de mando, símbolo de su responsabilidad con los indígenas y su tierra. Ahora volvió a entregar el bastón. Lo dejaron en su poder.

El gobierno de Colombia y las FARC firmaron el 24 de noviembre de 2016, en el Teatro Colón de Bogotá, el Acuerdo de Paz definitivo que acbó con medio siglo de confrontación abierta y que fue renegociado para incluir casi 200 propuestas de la oposición, tras el estrecho fracaso del plebiscito. El Congreso refrendó el pacto.

Juan Manuel Santos, fue el ganador del Premio Chatham House 2017, una institución británica. Chatham House destacó que "el Acuerdo terminó con uno de los conflictos armados más largos del mundo, y en última instancia, "su determinación y compromiso con la paz guiaron a los principales partidos y socios internacionales a uno de los mayores éxitos en el intercambio de paz en la historia moderna".

Santos acompañó en mayo de 2018 a la canciller alemana, Angela Merkel, a la entrega del Premio Lámpara de la Paz, con el que fue galardonada la política. "La paz y la reconciliación son posibles", había dicho Santos en Münster, en donde el mandatario colombiano asistió a las Jornadas Católicas. Desde Alemania, pidió "perseverar en hacer realidad la paz y negociar un acuerdo con la guerrilla ELN".

“Hay una guerra menos en el mundo y es la de Colombia", dijo Juan Manuel Santos, tras recibir el máximo galardón. Santos le dedicó el premio a las víctimas y donó su monto a una organización humanitaria. “En un momento en que nuestro barco parecía ir a la deriva, el premio fue el viento de popa que nos impulsó para llegar a nuestro destino: ¡el puerto de la paz!”, dijo Santos en Estocolmo.