در اجلاس اتحاد سوسیال مسیحی بایرن در ماه نوامبر ۲۰۱۵، برای اولین بار مناقشات شدید آغاز گردید. پس از اینکه انگلا مرکل، صدراعظم آلمان مجددا تعیین حد نهایی برای پناهجویان را رد کرد، زیهوفر با اظهار نظرش در مورد تعیین حد نهایی پناهجویان، مورد استقبال بی حد شرکت کنندگان قرار گرفت. شرکت کنندگان برای ۱۳ دقیقه تمام زیهوفر را تشویق کردند و دست زدند و مرکل در کنار او چون یک شاگرد مکتب باید انتظار می کشید.

در یک دوره هماهنگی وجود داشت. در دسمبر ۲۰۱۳، قبل از بحران مهاجرت، نظم عادی در جهان حاکم بود. رهبران احزاب، زیگمار گابریل از حزب سوسیال دموکرات (اس پی دی)، انگلا مرکل از حزب دوکرات مسیحی (سی دی یو) و هورست زیهوفر، رئیس حزب سوسیال مسیحی (سی اس یو)، قرارداد ائتلاف بزرگ را امضا کردند تا برای سومین بار آلمان توسط ائتلافی از این سه حزب اداره شود.

پایان ماه آگست ۲۰۱۵: در یک کنفرانس مطبوعاتی، مرکل در پیوند به بحران مهاجرت گفت: "ما موفق می شویم". پوشیده نبود که زیهوفر دیدگاه کاملاَ متفاوتی در این زمینه داشت. به زودی او طرح های خود را معرفی کرد.

در اجلاس عمومی اتحاد سوسیال مسیحی بایرن در "ویلباد کرویت" در ماه جنوری سال ۲۰۱۶، زیهوفر محدود کردن رقم پناهجویان را درخواست کرد. او گفت که آلمان می تواند حداکثر ۲۰۰ هزار پناهجو را سالانه بپذیرد. پیشدستی زیهوفر که در آن زمان نخست وزیر ایالت بایرن بود، مرکل را شگفت زده کرد. کمی بعد، حکومت ایالت بایرن تهدید کرد که در برابر محکمه فدرال قانون اساسی علیه سیاست پناهندگی حکومت مرکل شکایت می کند.

با شک و تردید مرکل و زیهوفر در برابر هم قرار گرفتند. با وجود همه اختلافات، این دو سیاستمدار از وابستگی متقابل شان آگاهی دارند و به آهستگی تلاش کردند باهم نزدیک شوند. در ماه می سال ۲۰۱۷، آنها در یک خیمه بیر یا آبجو در بایرن، مشترکا مبارزه انتخاباتی شان را پیش بردند. با این حال، این اقدام کمتر قناعت مرکل را با خود داشت.

سالون کنگره: در دسمبر ۲۰۱۷، کنگره حزب سوسیال مسیحی بایرن (سی اس یو) یک تصویر کاملا متفاوت از سر و صداهای که در سال ۲۰۱۵ بلند شده بودند، به نمایش گذاشت. مرکل و زیهوفر با درخشش به روی صحنه ظاهر شدند. چنان معلوم می شد که اختلافات روی مساله پناهجویان کاملاه برطرف گردیده باشد. اما سوال این بود که چگونه؟ دوران مبارزات انتخاباتی بود! اما در پشت پرده، اختلافات میان هر دو حل نشده بود.

تصاویر هماهنگی میان مرکل و زیهوفر، دست آورد هایش را نشان داد. هر دو در اواخر ماه اکتوبر سال ۲۰۱۷ پس از پیروزی در انتخابات، برای مذاکرات ائتلاف آماده شدند. با این حال، آنها در روز کنگره حزب دموکرات مسیحی (سی دی یو) در برلین پایتخت آلمان، یک تیم معلوم نمی شدند. جای تعجب نیست. زیرا بیشتر از همه مسایل دیگر، روی سیاست پناهندگی، احزاب دموکرات مسیحی و اتحاد سوسیال مسیحی بایرن با هم بحث و مذاکره داشتند.

این دو سیاستمدار باز هم در کنار هم روی صحنه ایستادند. مرکل و زیهوفر در روز آغاز کار حکومت جدید. فرانک والتر اشتاین مایر، رئیس جمهور آلمان، وزرای کابینه جدید را معرفی کرد. به این ترتیب برای مرکل و زیهوفر امکان یک آغاز تازه وجود داشت.

زیهوفر آرام ننشته است. او از مونشن به برلین به عنوان وزیر داخله جدید نقل مکان کرد. پست نخست وزیری ایالت بایرن را که قبلا او به دوش داست، اینک مارکوس زودر به عهده دارد. زیهوفر در برلین در برابر سیاست مرکل، بیشتر از قبل ایستادگی می کند. مهمتر از همه، مقررات جدید برنامه ریزی شده در قبال الحاق اعضای خانواده پناهجویان، منجر به اختلافات جدید شده است.

زیهوفر، وزیر داخله آلمان به دلیل اختلاف نظر با مرکل، معرفی "ماستر پلان مهاجرت" را به تعویق انداخت. در حالی که مرکل به اجلاس ادغام دعوت گردیده بود، زیهوفر با سباستیان کورتس، صدراعظم اتریش، که هر دو سیاستمدار نظر سیاسی نزدیک به هم دارند، ملاقات کرد. این اقدام، یکی دیگر از حرکات اعتراضی علیه مرکل بود. همچنین روز پنجشنبه "نزاع" بین این دو حزب اوج گرفته و فراکسیون های شان جداگانه از هم ملاقات کردند.