روند جدید از پنجم دسمبر 2001 شروع شد. آلمان کنفرانس افغانستان را در هوتل پیترزبرگ میزبانی کرد. حامد کرزی به عنوان رئیس حکومت انتقالی تعیین شد. او در سال 2004 به عنوان رئیس جمهور انتخاب شد و تا 2014 بر سر قدرت بود. پارلمان آلمان در دسمبر 2001 استقرار نیرو در افغانستان را تصویب کرد.

70 سرباز آلمانی به تاریخ یازدهم جنوری 2002 به کابل فرود آمدند. این شروع سهم گیری فعال اردوی آلمان در جنگ در افغانستان و نخستین ماموریت جنگی بزرگ اردوی آلمان بعد از جنگ جهانی دوم بود. در نقطه اوج این ماموریت تا 5350 سرباز آلمانی در افغانستان مستقر بودند که به این ترتیب، آلمان بعد از ایالات متحده و بریتانیا، سومین کشوری با بیشترین سربازان در افغانستان بود.

در ماه مارج 2002 دو سرباز آلمانی و سه سرباز دنمارکی در کابل در اثر انفجار راکتی که آن‌ها می‌خواستند خنثی کنند کشته شدند. در جریان ماموریت 13 ساله، 55 سرباز آلمانی در افغانستان جان دادند.

پیتر شتروک، وزیر دفاع آن زمان آلمان در 26 جولای 2002 از سربازان آلمانی در کابل دیدار کرد. ماموریت اردوی آلمان در داخل کشور انتقادهایی را برانگیخته بود. شتروک در پاسخ به این انتقادها گفته بود: «از امنیت جمهوری فدرالی آلمان در هندوکش نیز دفاع می‌شود.»

آلمان برای رسیدگی به انتقادات داخلی و انتظارات بین المللی، فعالیت‌های خود را به مناطق نسبتاً امن شمال افغانستان متمرکز کرد. در 25 اکتوبر 2003 سربازان آلمانی در قندوز مستقر شدند و از 2006 آلمان در رهبری نیروهای ایتلاف در شمال قرار داشت. این تصویر گزمه نیروهای آلمانی را در سال 2008 در قندوز نشان می‌دهد.

آلمان یکی از نخستین اعضای ناتو بود که در خارج از کابل گروه های بازسازی ولایتی (پی آر تی) را تشکیل دادند. این برنامه پروژه‌های بازسازی را در کنار تامین امنیت در شمال افغانستان تمویل می‌کرد. آلمان وعده داده است که حمایت مالی خود از افغانستان را بعد از 2014 نیز ادامه می‌دهد.

آلمان در آموزش نیروهای امنیتی افغانستان نقش بزرگی بازی کرده است. این عضو ناتو در چهار مرکز آموزشی خود بیش از 60 هزار عضو نیروهای امنیتی افغانستان را آموزش داده است. براساس گزارش‌ها، آموزش این نیروها تا آخر 2012 حدود 503 میلیون دالر امریکایی هزینه برداشته است.

در چهارم سپتمبر 2009 افسر آلمانی گیورگ کلاین دستور حمله هوایی بر دو تانکر تیل ناتو را صادر کرد که توسط طالبان گرفته شده بودند. در این حمله براساس آمارهای متفاوت، میان 91 تا 141 تن به شمول کودکان کشته شدند. قربانیان که اشتباهاً جنگجویان طالبان پنداشته شده بودند، برای گرفتن تیل به آنجا جمع شده بودند. این حادثه انتقادهایی را در داخل و خارج از آلمان برانگیخت.

هورست کوهلر، رئیس جمهور اسبق آلمان در 22 ماه می 2010 در جریان دیدارش از افغانستان اظهارات جنجال برانگیزی ایراد کرد که منجر به کناره گیری اش شد. کوهلر ظاهراً ماموریت نظامی آلمان در افغانستان را به ضرورت محافظت از منافع اقتصادی آلمان توجیه کرده بود.

آلمان به عنوان بخش ابتدایی برنامه خروج نیروهای ناتو از افغانستان تا پایان 2014، در سال 2010 نیروهای خود را از ولایت بدخشان خارج کرد. سپس این برنامه در قندوز انجام شد. پایگاه‌های اردوی آلمان در این ولایت‌ها به نیروهای افغانستان واگذار شدند. در اواخر 2012 کمپ مارمل در مزار شریف بزرگ‌ترین پایگاه نظامی اردوی آلمان در شمال افغانستان بود.

مقام‌های ناتو در زمان واگذاری پایگاه نظامی قندوز به نیروهای امنیتی افغانستان مدعی شدند که یک کشور امن و نیروهای امنیتی قوی افغانستان را از خود به جا می‌گذارند. چند ماه بعد معلوم شد که واقعیت چیز دیگری است. در آگست 2014 جنگجویان طالبان یک کمپ نظامی ناتو را که به نیروهای افغانستان سپرده شده بود، تصرف کردند.

کمپ مارمل آخرین ایستگاه نیروهای آلمانی و تجهیزات آن‌ها بود. این کمپ نظامی از سال 2012 به این سو در حال کوچک شدن بود. این کمپ به عنوان بزرگ‌ترین پایگاه نیروهای آلمانی در افغانستان باقی می‌ماند، جایی که سربازان آلمانی به آموزش نیروهای افغان می‌پردازند.

حدود 12 هزار سرباز خارجی از شروع سال 2015 برای مشوره و آموزش دهی نیروهای امنیتی افغانستان در این کشور باقی می‌مانند. آلمان با حدود 800 سرباز در این ماموریت جدید زیر نام "حمایت قاطع" سهم می‌گیرد.