پرچم افغانستان، صد و یک سال پیش، در زمان استرداد استقلال این کشور در سال ۱۹۱۹ میلادی (۱۲۹۸) به رنگ سیاه بود. محراب و منبر به عنوان نمادهای مذهبی در نشان سفید رنگ بر این بیرق قرار داشت که با پرتوهای هشت ضلعی احاطه شده بود. تاج شاهی، دو پرچم و دو شمشیر که نمادهای دولتداری و قدرت بودند، نیز در این نشان موجود اند.

پرچم افغانستان، برای نخستین بار در سال ۱۳۰۷ به رنگ های سیاه، سرخ و سبز به پیشنهاد شاه امان الله، از سوی لویه جرگۀ پغمان، تعیین شد. سیاه، نماد گذشتۀ دشوار، سرخ نماد مبارزه مردم برای آزادی و سبز به عنوان نمادی از آزادی و شگوفایی برای این بیرق انتخاب شد. نشان ملی در این بیرق شامل دو خوشه گندم، کوه ها، پرتو آفتاب، ستاره و کلمات "الله" و "محمد" بود.

در مورد رنگ پرچم و نشان ملی در زمان حکومت امیر حبیب الله کلکانی، معلومات زیادی در دسترس نیست، اما برخی از منابع، این پرچم را به عنوان پرچم دولت او شناخته اند.

محمد نادر شاه که از سال ۱۳۰۸ تا ۱۳۱۲ پادشاه افغانستان بود، در سال های نخست حکومت خود، پرچم سه رنگ زمان شاه امان الله را دوباره روی کار آورد، اما به عنوان نشان ملی در این پرچم، نشان پرچم زمان استقلال را برگزید.

در سال ۱۳۰۹، دولت محمد نادر شاه، نشان ملی بیرق افغانستان را تغییر داد. افغانستان چهل و یک سال دیگر، در زمان حکمروایی او و پسرش، محمد ظاهر شاه، همین پرچم و نشان را به عنوان پرچم و نشان ملی خود داشت. نشان ملی به کار رفته در این پرچم، شامل نمادهای مذهبی چون محراب و منبر و نماد قدرت و حکومتداری چون بیرق و نام افغانستان بود که توسط دو خوشه گندم، به عنوان نماد زراعتی بودن این کشور، احاطه شده بود.

پرچم دوران جمهوریت محمد داوود، به رنگ های سیاه، سرخ و سبز به شکل افقی، از بالا به پایین بود که رنگ سبز آن، نیمی از بیرق را احتوا می کرد. نشان ملی این پرچم دارای نمادهایی چون دو خوشه گندم، محراب و منبر، عقاب، پرتو خورشید و عبارت "د افغانستان جمهوریت" بود که سال "۱۳۵۲" یا سال تأسیس جمهوریت را نیز نشان می داد.

حزب دموکراتیک خلق که در ثور ۱۳۵۷ در پی یک کودتا به قدرت رسید، این پرچم سرخ رنگ را به عنوان پرچم حکومت خود برگزید. این پرچم رسمی حکومت کمونیستی در دوران های کوتاه مدت ریاست جمهوری نور محمد تره کی (از ۷ ثور ۱۳۵۷ تا ۱۸ میزان ۱۳۵۸) و حفیظ الله امین (از ۱۸ میزان تا ۶ جدی ۱۳۵۸)، دارای نمادهایی چون دو خوشه گندم، ستاره، واژۀ "خلق" و یک شعار انقلابی بود.

با کودتای شاخۀ پرچم حزب دموکراتیک خلق، بیرق افغانستان دوباره به سه رنگ، روی کار آمد. نشان این بیرق شامل خوشه های گندم و چرخ ماشین که نماد صنعت و زراعت اند، محراب و منبر به عنوان نمادهای دینی، پرتو خورشید و بیرق بود.

با به قدرت رسیدن مجاهدین، دولت اسلامی در کابل شکل گرفت و رنگ سرخ را از میان رنگ های بیرق افغانستان، به رنگ سفید مبدل کرد. در دوران ریاست جمهوری صبغت الله مجددی (در ۱۳۷۱) و برهان الدین ربانی (از ۱۳۷۱ تا ۱۳۸۰)، نشان این پرچم شامل نمادهای مذهبی، پرتو خورشید، دو خوشه گندم و دو شمشیر بوده است.

طالبان نیز که از سال ۱۳۷۵ تا ۱۳۸۰ در کابل حکومت می کردند، پرچم سفید خود را بر افراشته بودند. اما بیرق سیاه، سفید و سبز دولت مجاهدین، تا سال ۲۰۰۱ از سوی سازمان ملل به عنوان پرچم رسمی دولت افغانستان به رسمیت شناخته می شد.

پرچم و نشان کنونی افغانستان، در لویۀ جرگۀ سال ۲۰۰۱ انتخاب گردید. این نشان، نمادهای اسلامی چون محراب و منبر، کلمۀ طیبه و عبارت "الله اکبر" و نمادهایی از طبیعت و کشاورزی کشور چون پرتو خورشید و دو خوشه گندم را با نمادهای تاریخی چون دو پرچم، نام "افغانستان" و "۱۲۹۸ هـ ش" که سال استرداد استقلال این کشور است، شامل می شود.

طالبان این بار نیز بیرق قبلی شان را به عوض بیرق ملی بر افراشته اند. این گروه بیرق خود را در تپه وزیر اکبر خان به اهتزاز درآوردند؛ جایی که قبلا بزرگ‌ترین پرچم سه رنگ جمهوری اسلامی افغانستان برافراشته بود. اما در سطح بین‌المللی هنوز هم پرچم سه رنگ جمهوری اسلامی افغانستان به نام پرچم افغانستان شناخته می‌شود.