این زندان سابقه خیلی درازی نداشته و پیش از این در زمان تجاوز شوروی پیشین به افغانستان، در ولسوالی بگرام یک میدان هوایی بزرگ ساخته شد که از طریق آن مسکو تدارکات لوجیستکی نیروهای خود را انجام می داد. در آن زمان، برای اقامت افسران و صاحب منصبان چندین عمارت نیز در جوار این میدان اعمار گردید.

اما این میدان حین جنگ های مجاهدین و طالبان، میان سال های 1375 و1376 شدیدا خساره دید؛ و این ناحیه برای مدت طولانی یکی از خطوط اول جنگ شمرده می شد.

اما پس از سقوط طالبان، عساکر نیروهای ایتلاف از این میدان برای تدارکات و پرواز هواپیماهای خود استفاده کردند و کنترول آن را به دست گرفتند.

این نیروها با مصرف ده ها میلون دالر تاسیساتی را نیز در این ناحیه اعمار کردند که از آن جمله، یازده بلاک دیگر برای نگهداری زندانیان در این منطقه ساختند. در ده سال گذشته حدود 3100 زندانی در این زندان بازداشت بوده اند. علاوه بر زندانیان افغان، افرادی از کشورهای عربی، پاکستان و لیبیا نیز در زندان بگرام بندی هستند.

حکومت افغانستان در ابتدا هیچگونه عکس العملی در مورد این زندان و افراد بازداشتی نشان نمی داد، ولی به مروز زمان این زندان به یکی از موضوعات پرتنش میان کابل و واشنگتن تبدیل گردید. حکومت افغانستان افراد زندانی در این زندان را افراد "بیگناه" می پندارد.

بنابراین پس از گفتگوهای مکرر میان کابل و واشنگتن در ارتباط با این زندان، دولت افغانستان در آغاز سال 2012 مسوولیت 9 بلاک این زندان را بر دوش گرفت و بعد حدود 1200 زندانی را به دلیل آن که به گفته مقامات، بازداشت آنان دلایل موجه نداشت، آزاد نمود.

اما دو بلاک دیگر این زندان که حدود 400 تا 500 زندانی در آنها به سر می برند، هنوز هم یکی از موارد جنجال برانگیز میان حکومت کابل و امریکا می باشد؛ زیرا امریکا این افراد را خطرناکی می خواند.

اما حامد کرزی، رییس جمهور افغانستان در این زمینه تردید دارد و در یکی از سخنرانی هایش در این مورد گفت: "هرگاهی که تسلیمدهی زندان بگرام به اتمام برسد، ما خواهیم دید که در آن افراد بیگناهی زیادی زندانی اند. من غیر از جنایتکاران، فرمان می دهم که زندانیان دیگر آزاد شوند. فقط آنهایی در زندان باقی می مانند که عملیات انفجاری انجام داده اند، مردم را کشته اند و مرتکب جرم های دیگر شده اند".

این در حالی است که سازمان های حقوق بشر نیز بارها از بدرفتاری با زندانیان این زندان و حتی کشتن آنان هشدار داده اند.

جنرال عتیق الله، یک کارشناس افغان درباره مساله زندان بگرام می گوید که نداشتن اختیار حکومت افغانستان بر این زندان مشروعیت حکومت را زیر سوال می برد: "اگر امریکایی ها دولت افغانستان را به رسمیت می شناسند و به این حکومت احترام قایلند، پس حق این را ندارند که در افغانستان زندان داشته باشند. این زندانی ها تا حال نه مورد تحقیق قرار گرفته اند و نه هم دوسیه یی دارند. همچنان معلوم نیست که این زندانی ها تا چه زمانی در زندان باقی می مانند. بنابراین دولت افغانستان اکنون تحت فشار مردم قرار داشته و مورد سوال قرار گرفته است که چرا مسوولیت زندان ها به دولت افغانستان سپرده نمی شود".

اما ظهیر سعادت یکی از کارشناسان افغان بر این نظر است: "فکر می کنم که امریکایی ها ترس از این دارند که اگر این زندان به دولت افغانستان سپرده شوند و زندانی های آن آزاد گردند، آنها بار دیگر در برابر دولت افغانستان جنگ خواهند کرد؛ بنابرین برای دولت افغانستان و جامعه جهانی ایجاد درد سر نوی را می کنند".