خانم یعقوبی را درد و رنج هموطنانش وادار ساخت تا پس از کسب سند دکترایش در ایالات متحده امریکا به پاکستان برود و فعالیت‌های بشردوستانه‌اش را در میان مهاجران آغاز کند.

بزرگترین آرزوی خانم یعقوبی این بوده که روزی برسد تا زنان خودکفا شوند، آموزش ببینند، صحتمند باشند و آزادتر زندگی کنند. همین آرزوها سبب شد تا خانم یعقوبی فعالیت‌هایش را در بخش‌های تعلیمی و صحی آغاز کند.

در حال حاضر چهار مکتب در کابل و هرات زیر نظر انستیتوت آموزشی افغان فعالیت می‌کنند. معلمان با شیوه های جدید مدرن در این مکاتب تدریس می کنند.

آشنایی کودکان با طبعیت، نگهدای طبعیت و محیط زیست، تربیه مالی شامل آموزش های این مکاتب اند.

شاگرادان این مکاتب لباس های همسان می پوشند و نظم خاصی دارند. تدریس با کیفیت و نظم عالی این مکتب‌ها سبب شده تا تفاوت زیادی با مکتب‌های خصوصی و دولتی دیگر داشته باشند.

استفاده از نظام آموزشی بهتر و جذب استادان با تجربه دلیل اصلی تدریس با کیفیت در این مکتب ها است.

گفته می شود که در سطح ناحیه هفدهم کابل مکتب مکتب پروفیسور سکینه یعقوبی مقام اول را دارد. در مقایسه با شاگردان دیگر سویه مکتب نیز بلندتر است.