از همان ابتدای ساخت سد گتوند بسیاری از اساتید حوزه آب و زمین‌شناسی به‌ویژه اساتید دانشگاه اهواز خواستار توقف روند اجرا و ساخت این سد شدند. آن‌ها علت مخالفت خود را وجود تپه نمکی به نام گچساران اعلام کردند که در امتداد مخزن این سد وجود داشت.

اصرار بر ساختن سد گتوند که به عنوان "پرهزینه‌ترین" سد ایران شناخته شده، هنگامی قابل فهم می‌شود که بدانیم چه نهادهایی در آن دخیل هستند. کارفرما: شرکت توسعه منابع آب و نیروی ایران. مشاور: شرکت مهندسی مشاور مهاب قدس (وابسته به آستان قدس رضوی) و پیمانکار: گروه سپاسد (وابسته به قرارگاه خاتم الانبیا سپاه پاسداران انقلاب اسلامی)

در ابتدا مسئوولان متولی ساخت سد گتوند، تمامی ادعاهای مطرح شده را رد کردند و اعلام شد که سازند نمکی گچساران در محدوده این سد وجود ندارد. آن‌ها پس از رسانه‌ای شدن مشکل نمک در محدوده سد، هنگامی به وجود نمک اعتراف کردند که عملا میلیاردها تومان بودجه صرف شده بود و تخریب یا عدم آبگیری سد با سئوالات بیشتر و "آبروریزی" همراه می‌شد.

مسئولان سد گتوند در صدد برآمدند تا با ساخت دیواری حائل از خاک رس که اصلاحا "پتوی رسی" نامیده می‌شود از برخود آب با نمک‌های سازند گچساران جلوگیری کنند و بار دیگر بدون توجه به صحبت‌های کارشناسان که ساخت این "پتوی رسی" را بی‌فایده می‌دانستند، این پروژه نیز آغاز و با صرف هزینه‌های کلان انجام شد .

کار ساخت سد گتوند و "پتوی رسی" در میان تمامی اعتراضات به اتمام رسید و با حضور محمود احمدی نژاد، رئیس جمهوری وقت این پروژه آبگیری شد. با آبگیری سد، فاجعه زیست‌محیطی وارد فاز جدیدی شد که می‌تواند سرنوشت خوزستان را تغییر دهد.

تنها ۱۰ روز از زمان آبگیری سد نگذشته بود که خبر رسید شکاف‌هایی در "پتوی رسی" ایجاد شده و نمک‌های سازند گچساران وارد دریاچه سد گتوند شده است و این آغازی بر مصائب استان خوزستان و رودخانه کارون بود.

با نشست بیش از ۵ متری "پتوی رسی" ، در صورت وارد شدن تنها بخشی از صدها میلیون‌ تن نمک موجود در معدن به رودخانه کارون، شوری این رودخانه می‌تواند به چند برابر شوری خلیج فارس برسد.

میزان نمک حل شده در عمق پایین دریاچه پشت سد گتوند اکنون بیش از ۱۰برابر شوری آب اقیانوس برآورد می‌شود.(نمک اقیانوس ۲۸ تا ۳۰ گرم در لیتر است، ولی در لایه های تحتانی سد گتوند به‌ ۳۰۰ گرم در هر لیتر می‌رسد).

رودخانه کارون که در طول سالیان گذشته آب شیرین با شوری (EC) حداکثر ۴۰۰ تا ۵۰۰ میلی موس در آن جریان داشت، اکنون از زمان آبگیری سد گتوند تقریبا ۱۷میلیون تن نمک از این سد خارج شده و وارد کارون می‌شود.

زمین‌هایی که تحت آبیاری سد گتوند هستند بیش از ۴۲۰ هزار هکتار است که محصولات متنوع از قبیل گندم، ذرت و نیشکر در این زمین‌ها کشت می‌شوند. تداوم شور شدن آب سد گتوند و آبیاری با آب شور تولید و عملکرد کشاورزی منطقه را نابود می‌کند و در کمتر از چند سال زمین‌های زراعی پایین دست سد گتوند شور و غیرقابل کشت می‌شوند.

یکی از اهداف تعریف شده برای سد گتوند "تولید انرژی برق آبی به میزان ۴ هزار و ۵۰۰ گیگا وات در سال (ظرفیت نیروگاه دو هزار مگاوات) است. افزایش میزان خوردگی در توربین‌ها مهم‌ترین آسیبی است که ورود آب‌شور به آن ایجاد می‌کند و دیری نخواهد گذشت که کار توربین‌ها تعطیل می‌شود.

اخبار "غیررسمی" منتشر شده در رسانه‌های ایران حکایت از آن دارد که شرکت خارجی گارانتی کننده تأسیسات نیروگاه سد گتوند، با استناد به اینکه قرار بود میزان شوری آب ورودی به نیروگاه ۴۰۰ باشد و اکنون میزان شوری در بهترین حالت ۱۶۰۰ است، از گارانتی کردن تأسیسات سر باز زد. با این حال با پافشاری طرف ایرانی مقرر شد تا نهایتاً تأسیسات به مدت دو سال (تا پایان دولت دهم) گارانتی شوند.

حالا طرح دیگری برای مقابله با شوری آب پشت سد ارائه شده و قرار است این آب از طریق احداث خط لوله حدود ۲۰۰ کیلومتر به درون خلیج فارس انتقال داده شود. تاکنون ۱۰ کیلومتر لوله خریداری شده و عملیات حفاری و لوله‌گذاری به طول سه کیلومتر اجرایی شده‌ است. اگر سرعت اجرای پروژه به همین شکل باقی بماند، کشیدن این لوله سال‌ها به طول می‌انجامد.

انتقال آب شور سد گتوند به خلیج فارس، اکوسیستم محدوده ورودی لوله و نهایتا مناطق کم‌عمق اطراف را بشدت تحت تاثیر قرار داده و حیات آبزیان را با خطر روبرو خواهد کرد.

دکتر اسماعیل کهرم، کارشناس محیط زیست با اشاره به اعتراض کارشناسان می‌گوید:« اما این سد ساخته شد و زمین‌های کشاورزی، دامداری و چاه‌ها و باغ‌های تمام مردم منطقه نابود شد، گورستان هزار ساله بختیاری از بین رفت و امروز تنها دستاوردش حل شدن تپه‌های نمکی در این سد و شور شدن کارون است.»

به قول دکتر اسماعیل کهرم، ایران درس عبرت کشورهای همسایه شده است. وی می‌گوید:«این‌جاست که دل هر ایرانی می‌شکند و اشکش جاری می‌شود». دکتر کهرم می‌گوید:«در آینده‌ای نزدیک آیندگان ما بسیاری از این سدها را تخریب خواهند کرد». شاید هم آن نسل، این سد را همچون نسل کنونی که زندان قصر را به "باغ موزه عبرت" تبدیل کرد به "موزه عبرت محیط زیست" تبدیل کند.