موضع باراک اوباما در ادامه کار دادگاه نظامی گوانتانامو با انتقاد شدید مواجه شده است. بسیاری نهادهای مدافع حقوق بشر، او را متهم به عقب‌نشینی از وعده‌‌های انتخاباتی‌اش می‌کنند. رییس جمهور آمریکا روز جمعه ۱۵مه دستور داد، محاکمه نظامی تعدادی از زندانیان مظنون به فعالیت تروریستی، تحت شرایطی تازه در گوانتانامو برگزار شود. وی گفت هیچگاه به‌طور اصولی با کمیسیون نظامی گوانتانامو که در زمان جرج بوش به جریان افتاد، مخالف نبوده است.