آیت‌الله فاضل لنگرانی از مطرح کردن مدیریت امام زمان در اجرای طرح هدفمندی یارانه‌‌ها انتقاد کرد. این مدرس حوزه علمیه قم گفت که چنین سخنانی غلط است و ریشه دینی و علمی ندارد. وی چهارشنبه شب در دیدار با شماری از کارکنان رسانه‌ها در قم، از آنها خواست «آسیب‌های نظام را تشخیص دهند و از مسئولان بخواهند آن را درمان کنند.» پس از آغاز طرح هدفمندی یارانه‌ها محمود احمدی‌نژاد، رئیس‌دولت دهم در سخنرانی‌های مختلفی مدعی شده است که «امام زمان اجرای هدفمندی یارانه‌ها را هدایت می‌کند».