علی مطهری در صحن علنی مجلس از دخالت سپاه در انتخابات مجلس نهم انتقاد کرد. مطهری روز یکشنبه (۳۱ اردیبهشت/ ۲۰ مه) ضمن سخنرانی خود در نطق میان دستور گفت: «سپاه پاسداران در بسیاری از حوزه های انتخابیه مشهود بود و بسیاری از کاندیداهایی که در آن حوزه ها چه رای آوردند و چه رای نیاوردند این موضوع را تایید می کنند.» او در ادامه ضمن آنکه دخالت سپاه در انتخابات را "آفتی برای سپاه و خطری برای انقلاب و نظام اسلامی" دانست از مردمی که به وی رأی دادند سپاسگزاری کرد. علی مطهری گفت مردم «توطئه حذف» او از مجلس نهم را ناکام گذاشتند و آن را نشانه «رشد مردمسالاری دینی» در کشوری دانست که در آن «دوستان نادان انقلاب نمی توانند در پشت درهای بسته برای مردم تصمیم بگیرند».