سفارت ایران در دوشنبه با انتشار بیانیه‌ای ارتباط جمهوری اسلامی ایران با قتل‌های دهه ۹۰ میلادی در تاجیکستان را تکذیب کرد. این بیانیه چهارشنبه ۱۸ مرداد یک روز پس از پخش فیلمی از تلویزیون تاجیکستان منتشر شد. در این بیانیه ضمن تأکید بر "پیوندهای فرهنگی تمدنی و دوستی تاریخی دو ملت ایران و تاجیکستان"، آمده است: «ادعاهای مطرح شده در این فیلم از سوی اعتراف‌کنندگان محبوس و به نقل از کسانی است که در قید حیات نیستند و بالطبع نمی‌تواند اعتباری داشته باشد.»

اشاره سفارت ایران به فیلم مستندی است که توسط وزارت کشور تاجیکستان تهیه شده است. در این فیلم سه فرد بازداشت شده "اعتراف" می‌کنند که طرفداران یکی از مخالفان دولت فعلی تاجیکستان هستند و در دهه ۱۹۹۰ با کمک حزب نهضت اسلامی تاجیکستان به ایران رفتند و آموزش عملیات تروریستی دیدند.  حزب نهضت اسلامی، حزب مخالف دولت تاجیکستان است و فعالیت آن در این کشور ممنوع شده است.

قتل‌های زنجیره‌ای دهه ۹۰ میلادی

در سال‌های دهه ۹۰ میلادی شماری از چهره‌های سیاسی و روشنفکران منتقد در تاجیکستان به قتل رسیدند. صفرعلی کنجه‌یف، رئیس سابق پارلمان، آته‌خان لطیفی، روزنامه‌نگار و سیاستمدار معروف، محمد عاصمی، منهاج غلامف و یوسف اسحاقی، دانشمندان سرشناس، سیف رحیم‌زاد، نویسنده، فتح‌الله خان شریف‌زاده، مفتی سابق تاجیکستان از جمله این افراد بودند. در فیلم تهیه شده توسط وزارت کشور تاجیکستان ایران به حمایت مالی از قتل این افراد متهم شده است.

سفارت ایران در پاسخ به این اتهام‌ بر "نقش سازنده ایران" در مذاکرات صلح تاجیکستان برای پایان دادن به جنگ‌های داخلی این کشور در دهه ۹۰ میلادی اشاره کرده است.

در بیانیه سفارت ایران همچنین آمده است: «جمهوری اسلامی ایران پیشگام ساخت تاسیسات زیربنایی نظیر تونل راهبردی، نیروگاه برق و بیمارستان ... ارائه خدمات پزشکی هلال احمر و امداد رسانی به خانواده‌های کم بضاعت و بی‌سرپرست یا بد سرپرست تاجیک از سوی کمیته امداد امام خمینی ... تجهیز ده‌ها مراکز آموزشی فنی و حرفه‌ای و صدها اقدام از این نوع در تاجیکستان بوده ... که مفهومی جز کمک به تحکیم ثبات و توسعه و حفظ استقلال و امنیت پایدار تاجیکستان و استحکام پایه‌های دولت آن ندارد.»

در ادامه تأکید شده است: «پخش این فیلم‌های مغرضانه بعد از سفر اخیر وزیر انرژی و ذخایر آبی و رئیس تاجیکی کمیسیون مشترک همکاری‌های اقتصادی و فرهنگی دو کشور به تهران برای شرکت در مراسم تحلیف ریاست جمهوری اسلامی ایران به نمایندگی از رئیس جمهوری تاجیکستان بیانگر آن است که برخی گرایشات و محافل تحمل عادی شدن روابط و تقویت دوستی بین دو کشور را ندارند.»  

ارتباط رهبر حزب نهضت اسلامی تاجیکستان با مقامات جمهوری اسلامی

روابط ایران و تاجیکستان علی‌رغم سرمایه‌گذاری کلان ایران در این کشور در دو سال اخیر و از زمانی که مقامات جمهوری اسلامی با رهبر حزب نهضت اسلامی تاجیکستان دیدار کردند، تیره شده است.

جمهوری اسلامی ایران محی​الدین کبیری، رهبر حزب نهضت اسلامی، حزب مخالف دولت تاجیکستان را که فعالیت آن ممنوع شده است برای شرکت در بیست و نهمین "کنفرانس بین‌المللی وحدت اسلامی " به تهران دعوت کرد.

خبرگزاری فارس کبیری را "مهمان ویژه" این کنفرانس خواند و رهبر جمهوری اسلامی ایران، آیت‌الله علی خامنه‌​ای نیز با او دیدار کرد.  پس از آن وزارت خارجه تاجیکستان سفیر ایران در آن کشور را احضار و به شرکت محی‌الدین کبیری در کنفرانس تهران رسما اعتراض کرد.

تیرگی روابط دو کشور در دو سال اخیر تا جایی پیش رفت که وزیر خارجه ایران، محمد جواد ظریف در سفر فروردین‌ماه خود به آسیای میانه از تاجیکستان دیدار نکرد.