اختلافات در کوزوو در پایان دهه ۱۹۹۰ اوج گرفت. ده‌ها هزار نفر محل زندگی‌شان را ترک کردند و آواره شدند. با شکست کوشش‌ها برای برقراری صلح در منطقه، نیروهای پیمان آتلانتیک شمالی، ناتو، در بیست‌و‌چهارم ماه مارس سال ۱۹۹۹ حمله هوایی به مواضع نظامی صربستان را آغاز کردند. اسلوبودان میلوشویچ، رئیس‌جمهوری صربستان، سرانجام پس از ۱۱ هفته راضی به مذاکره شد.

از اواسط دهه ۱۹۸۰ مخالفت‌ها با محدود کردن حقوق مردم کوزوو آغاز شد. در دهه ۱۹۹۰ مشکلات این منطقه به شدت افزایش یافت. ابراهیم روگووا، که رهبری سیاسی در کوزوو را به عهده داشت، همواره بر مبارزات بدون‌ خشونت تاکید داشت و سعی می‌کرد میلوشویچ را به این ترتیب از خشونت بازدارد. کوشش او اما بدون نتیجه ماند.

سرانجام ارتش آزادی بخش کوزوو (اوچه کا) بوجود آمد. چریک‌های این سازمان با خشونت به‌مراکز صربستان حمله می‌کردند. آن‌ها همچنین آلبانی‌تبارهایی که به نظرشان با صرب‌ها همکاری می‌کردند را به شدیدترین وجهی مجازات می‌کردند. صربستان در مقابل این اقدامات تروریستی مقابله به مثل را آغاز کرد. خانه‌های بسیاری از شهروندان کوزوو آتش زده شد و مراکز خرید بسیاری غارت شد. صدها هزار نفر مجبور به فرار شدند.

جنگ همواره خونین‌تر می‌شد. نیروهای نظامی صربستان برای شکست چریک‌های کوزوو دست به هر کاری می‌زدند. آن‌ها بخصوص مردم عادی را زیر فشار قرار داده بودند. بسیاری از شهروندان کوزوو به جنگل‌ها پناه بردند و بسیاری با قطار و کامیون خود را به مناطق مرزی رساندند. آن‌ها با خود هیچ مدرکی نداشتند که نشان دهد شهروند کوزوو هستند.

نمایندگان آمریکا، فرانسه، بریتانیا، روسیه و آلمان در ماه فوریه سال ۱۹۹۹ از دوطرف درگیری خواستند با قبول خودمختاری موقت برای کوزوو جلوی جنگ را بگیرند. این خواست گرچه با موافقت نمایندگان کوزوو همراه شد، اما دولت صربستان با آن مخالفت کرد. مذاکره بی‌نتیجه به پایان رسید.

نیروهای پیمان ناتو در بیست‌و‌چهارم ماه مارس سال ۱۹۹۹ بمباران مناطق راهبردی و نظامی صربستان را در این کشور و کوزوو آغاز کردند. هدف ناتو قطع فشارهای ارتش صربستان به شهروندان کوزوو بود. آلمان نیز در این حمله شرکت کرد. این نخستین حمله نظامی نیروهای پیمان آتلانتیک شمالی، ناتو، در تاریخ پنجاه ساله‌اش بود که بدون کسب اجازه از شورای امنیت سازمان ملل متحد انجام شد. روسیه این حمله را به شدت محکوم کرد.

نیروهای ناتو در کنار مراکز نظامی و استراتژیک، راه‌ها، پل‌ها و ایستگاه‌های قطار صربستان را بمباران کردند تا ارتباط ارتش این کشور را با مراکز زندگی شهروندان کوزوو قطع کنند. نیروهای ناتو طی ۷۹ روز ۳۷ هزار پرواز را برنامه ریزی و اجرا کردند. ۲۰ هزار موشک در این مدت بر صربستان فروریخت و به کشته شدن بسیاری افراد غیرنظامی منجر شد.

مراکز صنعتی نیز با حمله جنگنده‌های ناتو روبرو شدند. جنگنده‌های ناتو یک کارخانه صنایع شیمیایی در نزدیکی بلگراد را بمباران کردند. مواد شیمیایی آزاد شده به رودخانه‌های اطراف سرازیر شد و هوای آلوده بسیاری از شهروندان را مسموم کرد. صربستان ناتو را متهم کرد که در این حملات از اورانیوم غنی‌شده و بمب‌های خوشه‌ای استفاده کرده است.

ناتو در حملات هوایی خود تلویزیون سراسری بلگراد را که مرکز تبلیغات اسلوبودان میلوشویچ بود بمباران کرد. ۱۶ نفر در پی حمله هواپیماهای جنگی به مرکز تلویزیون سراسری بلگراد کشته شدند.

هواپیماهای ناتو در کوزوو به اشتباه یک کامیون حامل پناهندگان کوزوویی را نیز بمباران کرد. در این بمباران ۸۰ نفر از پناهجویان کشته شدند. سفارت چین در بلگراد نیز به اشتباه بمباران شد و طی آن چهارنفر کشته شدند. این حادثه سبب شد که رابطه سیاسی چین و آمریکا به شدت بحرانی شود.

در روزهای نخستین‌ ماه ژوئن نخستین نشانه‌ها از این که اسلوبودان میلوشویچ برنامه جنگی خود را تغییر داده است مشخص شدند. نیروهای پیمان آتلانتیک شمالی، ناتو، در ۱۹ ژوئن به بمباران پایان داد. نتیجه این بمباران‌ها هزاران کشته، ۸۶۰ هزار پناهجو، تخریب شدید مراکز اقتصادی صربستان بودند و کوزوو نیز زیر نظارت سازمان ملل متحد قرار گرفت.