آلمان از همان سال ۲۰۰۱ نقش مهمی در تحولات افغانستان ایفا کرد و میزبانی کنفرانس بین‌المللی افغانستان در کاخ پترزبرگ (تصویر) در شهر بن را برعهده داشت. در این کنفرانس بین‌المللی بود که حامد کرزی به عنوان رئیس حکومت انتقالی تعیین گردید. وی در سال ۲۰۰۴ رسما به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد و تا سال ۲۰۱۴ بر سر قدرت بود. پارلمان آلمان نیز در دسامبر سال ۲۰۰۱ استقرار سربازان خود در افغانستان را تصویب کرد.

هواپیمای حامل هفتاد سرباز آلمانی در روز یازدهم ژانویه سال ۲۰۰۲ در کابل فرود آمد. این، آغاز حضور ارتش آلمان در جنگ در افغانستان و نخستین ماموریت جنگی بزرگ نیروهای آلمانی خارج از خاک اروپا بعد از جنگ جهانی دوم بود. در نقطه اوج این ماموریت تا ۵۳۵۰ سرباز آلمانی در افغانستان مستقر بودند. به این ترتیب، آلمان بعد از ایالات متحده آمریکا و بریتانیا، سومین کشور با بیشترین سربازان در افغانستان محسوب می‌شد.

در روز ششم ماه مارس سال ۲۰۰۲ بود که که دو سرباز آلمانی و سه سربازا دانمارکی در کابل در طی عملیات خنثی کردن یک راکت جان خود را از دست دادند. در طی حضور سیزده ساله ارتش آلمان در افغانستان ۵۵ سرباز آلمانی کشته شدند.

پتر اشتروک (وسط)، وزیر دفاع وقت آلمان در روز ۲۶ ژوئیه ۲۰۰۲ از پایگاه سربازان آلمانی در کابل دیدار کرد. ماموریت ارتش آلمان در آن زمان در داخل این کشور انتقادهایی را برانگیخته بود. اشتروک در واکنش و پاسخ به این انتقادها گفته بود که سربازان آلمانی با مأموریت خود در افغانسان از امنیت جمهوری فدرال آلمان نیز دفاع می‌کنند.

ارتش آلمان برای فرونشاندن انتقادات داخلی و همچین برآورده ساختن انتظارات بین‌المللی، فعالیت‌های خود را بر مناطق نسبتاً امن در شمال افغانستان متمرکز کرد. در روز ۲۵ اکتبر سال ۲۰۰۳ سربازان آلمانی در قندوز مستقر شدند و از سال ۲۰۰۶ نیز رهبری نیرو‌های ائتلافی در شمال افغانستان را برعهده داشتند.

آلمان یکی از نخستین اعضای ناتو بود که در خارج از کابل گروه‌های بازسازی ولایتی (پی آر تی) را تشکیل داد. این برنامه، پروژه‌های بازسازی را در کنار تامین امنیت در شمال افغانستان دربرمی‌گرفت و از جمله اهداف آن جلب اعتماد و همکاری ساکنان محلی بود. آلمان وعده داده است که حمایت مالی خود از افغانستان را علیرغم پایان مأموریتش در سال ۲۰۱۴ همچنان ادامه دهد.

آلمان در آموزش نیروهای امنیتی افغانستان نقش بزرگی ایفا کرده و در چهار مرکز آموزشی خود در این کشور بیش از ۶۰ هزار عضو نیروهای امنیتی افغان را آموزش داده است. براساس گزارش‌ها، آموزش این نیروها تا پایان سال ۲۰۱۲ میلادی بیش از ۵۰۰ میلیون دلار هزینه داشته است.

در روز چهارم سپتامبر ۲۰۰۹ بود که افسر آلمانی گئورگ کلاین دستور حمله هوایی به دو تانکر ناتو را صادر کرد که توسط نیروهای طالبان ربوده شده بودند. در مورد شمار قربانیان این حمله آمارهای گوناگونی منتشر شده است. در جریان این حمله ۹۱ تا ۱۴۱ نفر از جمله شمار زیادی کودک جان خود را از دست دادند. این حادثه‌ی مرگبار انتقادهای زیادی را در داخل و خارج از آلمان برانگیخت.

هورست کوهلر، رئیس‌جمهور وقت آلمان در روز ۲۲ ماه مه سال ۲۰۱۰ در جریان دیدارش از افغانستان سخنان جنجال‌برانگیزی ابراز داشت که در نهایت منجر به کناره‌گیری‌اش شد. کوهلر دلیل ماموریت نظامی آلمان در افغانستان را از جمله حفظ منافع اقتصادی آلمان خوانده و آن را توجیهی بر حضور در این کشور دانسته بود.

آلمان در نخستین مرحله‌ی برنامه‌ی خروج نیروهای ناتو از افغانستان تا پایان سال ۲۰۱۴ ، نیروهای خود را در سال ۲۰۱۰ از ولایت بدخشان خارج کرد. این برنامه پس از آن در قندوز انجام شد. پایگاه‌های ارتش آلمان در این ولایت‌ها به نیروهای افغانستان واگذار شدند. در اواخر سال ۲۰۱۲ پایگاه مارمل در مزار شریف بزرگ‌ترین پایگاه نظامی اردوی آلمان در شمال افغانستان بود.

مقام‌های ناتو در زمان واگذاری پایگاه نظامی قندوز به نیروهای امنیتی افغانستان مدعی شدند که کشوری امن به جای می‌گذارند و نیروهای امنیتی افغان از قدرت کافی برای حفظ امنیت برخوردارند. چند ماه بعد مشخص شد که واقعیت چیز دیگری است. در ماه اوت سال ۲۰۱۴ ستیزه‌جویان طالبان یک کمپ نظامی ناتو را که به نیروهای افغانستان سپرده شده بود، تصرف کردند. دستاوردهای نیروهای ناتو به این ترتیب به مخاطره افتاد.

کمپ مارمل آخرین پایگاه نیروهای آلمانی و تجهیزات آن‌ها بود. ابعاد و گستره‌ی این کمپ نظامی از سال ۲۰۱۲ به این سو پیوسته کاهش یافت. این کمپ به عنوان بزرگ‌ترین پایگاه نیروهای آلمانی در افغانستان باقی می‌ماند، جایی که سربازان آلمانی نیروی خود را صرف آموزش نیروهای افغان خواهند کرد.

حدود ۱۲ هزار سرباز خارجی از آغاز سال ۲۰۱۵ جهت مشاوره و آموزش نیروهای امنیتی افغانستان در این کشور باقی می‌مانند. آلمان نیز با حدود ۸۰۰ سرباز در این مأموریت جدی که "پشتیبانی قاطع" نام دارد، سهیم است.