ابراهیم رئیسی که رئیس جمهور ایران شده، مدت کوتاهی پس از پیروزی انقلاب اسلامی، فعالیت قضایی خود را در ۲۰ سالگی به عنوان دادستان کرج و سپس همدان آغاز کرد. او در سال ۱۳۶۴ به تهران منتقل شد و جانشین دادستان این شهر شد. رئیسی در این سمت عضو "هیئت مرگ" شد و احکام اعدام هزاران نفر را امضا کرد. (عکس در کنار اسدالله لاجوردی، رئیس پیشین زندان اوین و دادستان انقلاب تهران و اسدالله جولایی)

طی دوماه مرداد و شهریور سال ۱۳۶۷ هزاران زندانی سیاسی که حتی بعضی از آن‌ها مدت محکومیت خود را به اتمام رسانده بودند ولی همچنان زندانی بودند و به اصطلاح "ملی کشی" می‌کردند، اعدام شدند. تعداد دقیق اعدام‌ها هرگز فاش نشد. تعداد قربانیان این واقعه نزد مراجع مختلف متفاوت و تا ۴۴۸۴ نفر تخمین زده می‌شود. گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل تعداد زندانیان سیاسی اعدام‌شده را دست‌کم ۱۸۷۹نفر اعلام کرده‌است.

در مورد علل اعدام‌های دسته‌جمعی در تابستان سال ۶۷ نظرات مختلفی وجود دارد: برخی معتقدند این اعدام‌ها نتیجه جدال جمهوری اسلامی با سازمان مجاهدین ومشخصا واکنش به عملیات "فروغ جاویدان" بوده است. روایت قوی‌تر اما این است که کشتار زندانیان سیاسی از قبل برنامه‌ریزی شده بود، به خصوص که زندانیان اعدام شده فقط اعضای مجاهدین نبودند، بلکه از اعضای گروه‌های چپ همچون راه‌کارگر، فدائیان و حزب توده نیز بوده‌اند.

پس از قبول قطعنامه ۵۹۸ سازمان ملل و متعاقب آن حمله سازمان مجاهدین و عملیات "مرصاد" ، روح الله خمینی در حکمی افرادی را مامور بررسی مجدد وضعیت زندانیان کرد و نوشت:« کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رای اکثریت آقایان حجت‌الاسلام نیری و جناب آقای اشراقی و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد».

آیت‌الله منتظری که در آن زمان جانشین آیت‌الله خمینی، رهبر جمهوری اسلامی بود در خاطرات خود که سال‌ها بعد منتشر کرد می‌نویسد که "در آن زمان گفته می‌شد که نامه اول به خط سید احمد خمینی نوشته شده‌است و در مورد نامه دوم هم آشکارا دستخطِ سؤال‌کننده و پاسخ دهنده نامه یکسان است". آیت‌‌الله منتظری به علت انتقادهایش از سمت خود غزل شد و در حصر خانگی درگذشت.

گرچه در حکم خمینی از اسامی مرتضی اشراقی (سمت راست- دادستان تهران)، حسین‌علی نیری (رئیس هیئت – نفر وسط) و مصطفی پور محمدی (نماینده سازمان اطلاعات- سمت چپ) یاد شده، اما ابراهیم رئیسی (معاون دادستان- پائین سمت راست) و اسماعیل شوشتری (رئیس سازمان زندان‌ها – پائین سمت چپ) نیز در جلسات و صدور احکام حضور داشتند. ابراهیم رئیسی در آن زمان ۲۷ ساله بود.

یرواند آبراهامیان تاریخ‌نگار ایرانی می‌نویسد: «روز جمعه ۲۸ تیرماه ۱۳۶۷ درهای زندان‌ها بسته و تلفن‌ها قطع شد. تلویزیون‌ها را از برق کشیدند و از توزیع نامه‌ها، روزنامه‌ها و بسته‌های دارویی خودداری ورزیدند. ساعات ملاقات حذف شد و بستگان زندانیان را از حول و حوش زندان‌ها پراکنده‌ ساختند. رفت‌وآمد زندانیان به مکان‌های عمومی مانند درمانگاه‌ها، کارگاه‌ها، قرائت خانه‌ها، تالارهای تدریس و حیاط‌ها ممنوع شد.»

به گفته آبراهامیان، هیئت اعدام در تهران به زندانیان اطمینان می‌دادند که چند سؤال برای "اعطای عفو عمومی" می‌پرسند. در مورد مجاهدین می‌پرسیدند "آیا حاضر به معرفی یاران سابق خود در برابر دوربین هستید؟"، "آیا حاضر هستید به خط مقدم رفته و از روی مین‌های دشمن عبور کنید؟" و در مورد چپ گرایان، "آیا حاضرید علنی ماتریالیسم تاریخی را نفی کنید؟"، "آیا حاضر به نفی اعتقاد گذشته‌تان در مقابل دوربین هستید؟"

به گزارش شاهدان عینی "هیئت اعدام" در صورت عدم رضایت از پاسخ‌ها، فوراً دستور انتقال به اتاقی برای نوشتن وصیت‌نامه را می‌داد و سپس زندانیان در دسته‌های شش نفری و با چشمان بسته به دار آویخته می‌شدند.

اعدام شدگان بدون اطلاع به خانواده‌ها، در گورهای دسته‌جمعی به خاک سپرده می‌شدند. بیشتر خانواده‌ها نیز پس از چند ماه خبردار شدند که فرزندانشان اعدام شده‌اند.

آیت‌الله احمد عابدینی در خاطراتش می‌گوید: «بنا شد نزد آیت‌الله منتظری برویم و بخواهیم موقتاً سکوت کند. او جواب داد: افرادی که محاکمه شده‌‏اند و در زندانند و دوران محکومیت خود را به سر می‌برند و جرم جدیدی مرتکب نشدند، به چه دلیل باید دوباره سوال و جواب کرد و سپس اعدام؟ گروهی از منافقان به ایران حمله کرده‌‏اند، این چه ربطی به زندانیان دارد؟ می‌‏گویید در این امور من سکوت کنم؟».

براساس فایل صوتی منتشر شده، آیت‌الله حسینعلی منتظری در یک جلسه حضوری در مرداد ۱۳۶۷ با حضور اعضای هیئت اعدام‌ها، یعنی حسینعلی نیری (حاکم شرع وقت)، مرتضی اشراقی (دادستان وقت)، ابراهیم رئیسی (معاون وقت دادستان) و مصطفی پورمحمدی (نماینده وقت وزارت اطلاعات در زندان اوین) به آنها می‌گوید که "شما را در آینده جزء جنایتکاران در تاریخ می‌نویسند".

از جمله کسانی که در زمان اعدام‌های مخالفین سیاسی دهه شصت نقش موثری داشت، می‌توان به حمید نوری اشاره کرد که دادیار وقت زندان گوهردشت کرج بود. او که در آن زمان با نام مستعار "عباسی" احکام ناعادلانه‌ای را علیه بسیاری صادر کرده، مدتی پیش در سوئد شناسایی، بازداشت و در یک روند قضایی تفهیم اتهام شده است.

سازمان عفو بین‌الملل پس از انتخاب ابراهیم رئیسی به ریاست جمهوری اسلامی با اشاره به اعدام‌ هزاران زندانی سیاسی در تابستان ۶۷‌ خواستار آن شد که رئيسی، "به خاطر جرائم بین‌المللی" تحت تعقیب کیفری قرار گیرد.

خبرنگار شبکه تلویزیونی الجزیره در اولین نشست خبری پس از انتخابات از ابراهیم رئیسی در مورد نقش او در اعدام‌های ۶۷، قرار گرفتن در لیست تحریم‌های حقوق بشری و درخواست محاکمه او از سوی نهادهای فعال حقوق بشر پرسید. مترجم این نشست از ترجمه کامل این سوال خودداری کرد. رئیسی بدون اشاره به نقش‌اش در اعدام‌ها گفت: « تمام اقداماتی که من در مدت مسئولیتم انجام دادم همواره در جهت دفاع از حقوق بشر بوده است.»