روحانی به دلیل درگذشت مهدوی کنی دو روز عزای عمومی اعلام کرد
۱۳۹۳ مهر ۲۹, سهشنبه حسن روحانی در پیام تسلیت خود به مناسبت درگذشت رئیس مجلس خبرگان رهبری، محمدرضا مهدوی کنی را از "مجاهدان زجر کشیده نهضت اسلامی و پیشکسوت نهاد روحانیت" لقب داده که به گفته وی همواره بر فراحزبی بودن این قشر و بیطرفی در منازعات قدرت تأکید میکرده است.
رئیسجمهور ایران همچنین از نقشی که مهدوی کنی در شکلگیری نهادهای انقلابی از جمله کمیته انقلاب اسلامی ایفا کرد، ستایش کرده و نوشته است: «دولت جمهوری اسلامی ایران به نشان احترام به خدمات این عالم بزرگ انقلابی، دو روز عزای عمومی در سراسر کشور اعلام میکند.»
ابراهیم انصاریان، رئیس دفتر رئیس مجلس خبرگان رهبری، اعلام کرد که آیتالله محمدرضا مهدوی کنی که از پنج ماه پیش به دلیل حمله قلبی در کما به سر میبرد، صبح روز سهشنبه (۲۱ اکتبر/ ۲۹ مهر) در سن ۸۳ سالگی در بیمارستان قلب شهید رجایی درگذشت.
رئیس مجلس خبرگان روز چهارشنبه، ۱۴ خرداد پس از شرکت در مراسم بیست و پنجمین سالگرد درگذشت آیتالله خمینی، رهبر پیشین جمهوری اسلامی، دچار حمله قلبی شده و به بیمارستان بهمن منتقل شده بود. وی از آن زمان در کما به سر میبرد.
محمدرضا مهدوی کنی در سال ۱۳۱۰ در کن، در حومه تهران به دنیا آمد. وی از آغاز تأسیس نظام جمهوری اسلامی یکی از روحانیون بانفوذ به شمار میرفت. عضویت در حلقه اولیه "شورای انقلاب"، سرپرستی کمیتههای انقلاب اسلامی، نهادهای مسلحی که بعدها به نیروی انتظامی و سپاه پاسداران تبدیل شدند، عضویت در شورای نگهبان، وزیر کشور در دولتهای رجایی و باهنر و نیز نخستوزیری پس از ترور محمدعلی رجایی و محمدجواد باهنر، شماری از سمتهای او در جمهوری اسلامی بود.
در اواخر سال ۱۳۸۹ با تلاش اصولگرایان نزدیک به آیتالله خامنهای برای کنار گذاشتن اکبر هاشمی رفسنجانی از ریاست مجلس خبرگان، مهدوی کنی در حالیکه از سلامت جسمی برخوردار نبود و با صندلی چرخدار حرکت میکرد، به ریاست مجلس خبرگان انتخاب شد.
پس از به کما رفتن مهدوی کنی، ریاست موقت مجلس خبرگان به محمود هاشمی شاهرودی، رئیس پیشین قوه قضاییه و نایب رئیس اول مجلس خبرگان، سپرده شد.