علی شمخانی از سوی آیت‌الله خامنه‌ای برای مدت سه سال به عضویت شورای عالی امنیت ملی منصوب شد. سه روز پیش از این حسن روحانی، رئیس جمهور ایران، شمخانی را به ریاست شورای عالی امنیت ملی ایران منصوب کرده بود. روحانی تا پیش از انتخاب به عنوان رئیس جمهور، نماینده آیت‌الله خامنه‌ای در این شورا بود.

شمخانی که در دولت‌ محمد خاتمی وزیر دفاع بود با شروع به کار دولت محمود احمدی‌نژاد از این سمت کنار رفت و از سوی آیت‌الله خامنه‌ای به عضویت نهاد تازه تاسیسی به نام "شورای راهبردی روابط خارجی ایران" منصوب شد.

بنا به خبری به نقل از محمد تقی کروبی، فرزند مهدی کروبی، اخیرا آیت‌الله خامنه‌ای در دیدار با اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس شورای تشخیص مصلحت نظام، موافقت کرده است که مسئله بررسی ادامه یا توقف حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی به شورای عالی امنیت ملی سپرده شود. منبع دیگری این خبر را تایید نکرده است. با توجه به گرایش‌های میانه‌روانه و "فراجناحی" شمخانی، برخی محافل سیاسی گشایش در رفع حصر چهره‌های یادشده را بعید نمی‌دانند.

علی شمخانی در سمت جدید خود جانشین سعید جلیلی می‌شود. جلیلی که در انتخابات اخیر ریاست جمهوری از حسن روحانی شکست خورد و به لحاظ آرا بعد از محمدباقر قالیباف قرار گرفت اینک در حکمی دیگر از سوی آیت‌الله خامنه‌ای به عضویت شورای تشخیص مصلحت نظام درآمده است. به این ترتیب به نظر می‌رسد که ترکیب این مجمع، به رغم ریاست هاشمی رفسنجانی بر آن، بیش از پیش به سود محافظه‌کاران تغییر کند.