«از نقاط ضعف انتخابات مجلس نهم با همه شکوهی که داشت، دخالت سپاه پاسداران در بسیاری از حوزه‌های انتخابیه به صورت حمایت جدی از کاندیداهای مورد نظر خود بود. بسیاری از کاندیداها، چه آنها که رأی آوردند و چه آنها که رأی نیاوردند، این واقعیت را تأیید می‌کنند.» این بخشی از سخنان علی مطهری در نطق میان‌دستور مجلس شورای اسلامی در روز یکشنبه (۲۰ مه/ ۳۱ اردیبهشت) است.

در بحبوحه‌ی مبارزات انتخاباتی برای راهیابی به مجلس نهم شورای اسلامی، شایعاتی مبنی بر تمایل نهادهایی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به "جبهه پایداری" منتشر شد. حضور برخی از چهره‌های نظامی و امنیتی در جلسات این تشکل نزدیک به محمد تقی مصباح یزدی، به حمایت این نهادها از جبهه پایداری تعبیر شدند.

حمید رسایی، دیگر نماینده‌ی مجلس شورای اسلامی و عضو "جبهه پایداری"، به سخنان علی مطهری واکنش نشان داد: «اگر هم در گوشه و کناری کسی اقدامی انجام داده، مربوط به کل سپاه پاسداران نمی‌شود».

رسایی افزود: «امروز نیز آقای مطهری مجددا اتهامی را متوجه این نهاد کرد و این در حالی است که پیش از این در مساله وزیر نفت فعلی هم چنین اتهامی را متوجه سپاه کرده بود که سپاه قصد به‌دست گرفتن تمام قدرت‌های این کشور را دارد».

علی مطهری در مرداد ماه ۱۳۹۰ از "پیوند خوردن سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عنوان یک قدرت نظامی با یک قدرت سیاسی و اقتصادی" انتقاد کرده بود. وی با این سخنان به معرفی رستم قاسمی، فرمانده پیشین قرار سازندگی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، به‌عنوان وزیر پیشنهادی برای تصدی وزارت نفت واکنش نشان داد.

مطهری یکی از نمایندگان منتقد دولت احمدی‌نژاد است که به مجلس نهم راه یافته است. او به همراه چند تن از نمایندگان اصول‌گرای مجلس هشتم در ابتدا از سوی هیأت‌های اجرایی وزارت کشور برای کاندیداتوری مجلس نهم رد صلاحیت شده بود.

رد ادعای مطهری از سوی سپاه

روز یکشنبه خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا) به نقل از سرتیپ دوم پاسدار رمضان شریف، مسئول روابط عمومی کل سپاه پاسداران، هرگونه دخالت این نهاد نظامی در انتخابات اخیر مجلس شورای اسلامی را رد کرد. او همچنین از کسانی که مدعی دخالت سپاه در امر انتخابات هستند "به قاطعیت" خواسته است «مستندات خود را ارائه کنند».

به گفته‌ی رمضان شریف، «بدیهی است سپاه حق پیگرد حقوقی مدعیان دخالت سپاه در انتخابات را برای خود محفوظ می‌داند».

سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج به دخالت در انتخابات ریاست جمهوری در ایران به سود محمود احمدی‌نژاد متهم هستند. از این نهادها همچنین به‌عنوان نهادهای سرکوب اعتراض‌های پس از انتخابات ریاست‌جمهوری دهم در سال ۱۳۸۸ نام برده می‌شود.

برخی از ناظران اقتصادی نیز سپاه را "بزرگ‌ترین کارفرمای ایران" می‌دانند. این نهاد نظامی به حذف امنیتی رقیب خود در هنگام واگذاری سهام شرکت مخابرات ایران، تصاحب پروژه‌های کلان نفتی و عمرانی بدون طی تشریفات مناقصه و فعالیت‌های بازرگانی در اسکله‌های اختصاصی خود متهم است.