روابط عمومی مجمع تشخیص مصلحت در اطلاعیه‌ای به مواردی پاسخ داده است که در نامه‌ی محمود احمدی نژاد علیه این مجمع آمده است. در این اطلاعیه از "هجمه و تهمت‌های فراوان بی‌پایه" نسبت به مجمع تشخیص مصلحت در رسانه‌های نزدیک به دولت انتقاد شده است. مجمع تشخیص مصلحت همچنین سخنان علی اصغر زارعی، نماینده‌ی مجلس شورای اسلامی را نیز تکذیب کرده است.

احمدی نژاد در نامه‌ای به نمایندگان مجلس مدعی شده بود که مجمع تشخیص مصلحت در کار دولت دخالت می‌کند. زارعی نیز دو روز پیش از انتشار نامه احمدی نژاد، مجمع تشخیص مصلحت را به "بهانه جویی و نادیده گرفتن نظر رهبری" متهم کرده بود.