آغاز دوران رهبری علی خامنه‌ای با آغاز ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی همراه بود. هاشمی دو دوره، از ۱۲ مرداد ۶۸ تا ۱۲ مرداد ۷۶، رئیس‌جمهور بود. در این دوره که از آن به عنوان "دوران سازندگی" یاد می‌شود سیاست‌های باز اقتصادی در پیش گرفته شد. سرکوب و کشتار مخالفان سیاسی در داخل و خارج ایران در این زمان اشکال تازه‌ای به خود گرفت.

علی‌اکبر سعیدی سیرجانی، نویسنده سرشناس، در اسفند ماه ۱۳۷۲ بازداشت شد. وی پیش از بازداشت چندین نامه انتقادی خطاب به علی خامنه‌ای نوشته بود. گفته می‌شود که رهبر جمهوری اسلامی به یکی از این نامه‌ها به تندی پاسخ داده بود. سیرجانی ۴ آذر ۷۳ در بازداشت جان سپرد. بر اساس برخی شواهد، قتل وی توسط کپسول پتاسیم و به دستور سعید امامی، از مقامات ارشد وزارت اطلاعات، صورت گرفته است.

در جریان "ترور میکونوس" در رستورانی به همین نام در برلین آلمان در ۲۶ شهریور ۷۱ تعدادی از سران اپوزیسیون کرد به قتل رسیدند. قربانیان این حادثه عبارت بودند از: صادق شرفکندی، دبیر کل حزب دمکرات کردستان ایران‌، همایون اردلان، نماینده این حزب در آلمان، فتاح عبدلی، نماینده حزب در اروپا، و نوری دهکردی، کارمند صلیب سرخ و فعال در امور پناهندگان. این ترور تأثیر زیادی بر روابط ایران و کشورهای اروپایی داشت.

یک سال بعد از ترور میکونوس، کاظم دارابی کازرونی، مشکوک به عضویت در سپاه پاسداران و وزارت اطلاعات، و چهار لبنانی توسط پلیس آلمان دستگیر شدند. دادگاه این متهمان در آبان‌ماه ۷۲ آغاز شد و حدود ۵ سال طول کشید. حکم دادگاه در ۲۱ فروردین ۷۶ صادر شد و طبق آن کاظم دارابی و عباس رحیل، تبعه لبنانی، به حبس ابد و یوسف امین و محمد اتریس، هر دو از اتباع لبنان، به ترتیب به ۱۱ و ۵ سال زندان محکوم شدند.

در جریان دادگاه میکونوس‌، مسئولان وقت جمهوری اسلامی ایران یعنی هاشمی رفسنجانی، رئیس جمهور وقت، علی فلاحیان، وزیر اطلاعات وقت، علی‌اکبر ولایتی، وزیر امور خارجه وقت، و علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، متهم به زمینه‌سازی ترور میکونوس شدند.

هایک هوسپیان مهر، کشیش ایرانی‌، اسقف کلیسای جماعت ربانی بود. وی سه روز پس از به نتیجه رسیدن تلاش‌هایش برای آزادی مهدی دیباج در دی ماه ۷۲ در راه فرودگاه مهرآباد تهران ربوده شد. چند روز پس از آن پلیس از پیدا شدن جسد وی خبر داد. گرچه دو عضو مجاهدین خلق به قتل وی اعتراف کرده بودند اما در جریان افشای ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای معلوم شد که نام وی را نیز باید در لیست قربانیان وزارت اطلاعات قرار داد.

انفجار در حرم علی بن موسی الرضا در ۳۰ خرداد ۷۳، ۲۶ نفر کشته و بیش از ۳۰۰ نفر زخمی برجای گذاشت. دو زن عضو سازمان مجاهدین با حضور در تلویزیون حکومتی به این اتهام و همچنین قتل دو کشیش‌ اعتراف کردند و با تخفیف از اعدام رهایی یافتند. یک سال بعد یک نشریه پاکستانی نوشت که یک عضو القاعده به انجام این بمب‌گذاری اعتراف کرده ‌است. با وجود این برخی سعید امامی و همکاران‌اش را در این حادثه دخیل دانسته‌اند.

مهدی دیباج که در نوجوانی مسیحی شده بود سال ۶۳ دستگیر شد و ۹ سال را در زندان گذراند. او پنج ماه پس از آزادی در ۱۳ تیر ۷۳ (در سن ۶۰ سالگی) ربوده شد. چند روز پس از آن جسد بیجان وی را یافتند. گرچه دو عضو سازمان مجاهدین به قتل وی اعتراف کردند اما در جریان افشای قتل‌های زنجیره‌ای مشخص شد که وزارت اطلاعات در قتل وی دست داشته است.

ماجرای اتوبوس ارمنستان یکی از موارد تلاش برای قتل گروهی روشنفکران است که در تابستان ۷۵ توسط وزارت اطلاعات علی فلاحیان برنامه‌ریزی شد. قرار بود اتوبوس حامل روشنفکران که راهی ارمنستان بودند به دره پرتاب شود. مسافران این اتوبوس از جمله سپانلو، مجابی، بهنود، علی‌نژاد، چهلتن، بیجاری، نجدی ، مندنی‌پور، جورکش، توفان، باباچاهی، سرکوهی، فرشته ساری، کوشان و تعداد دیگری از اعضای کانون نویسندگان بودند.

تعدادی از نیروهای ملی مذهبی در سال ۶۹ نامه‌ای به هاشمی رفسنجانی نوشتند که به "نامه ۹۰ امضایی" مشهور شد. برخی از امضاکنندگان نامه در مدت کوتاهی مجبور به پس گرفتن امضای خود شدند‌. در این رابطه ۲۳ نفر، از جمله ابوالفضل بازرگان و ابراهیم یزدی، دستگیر شدند. برخی از دستگیرشدگان را به اعتراف تلویزیونی علیه خود و دیگران مجبور کردند. دو تن از دستگیرشدگان مدت کوتاهی پس از آزادی درگذشتند.

انتخابات هفتمین دوره ریاست جمهوری ایران در ۲ خرداد ۷۶ برگزار شد. این انتخابات با پیروزی غیر منتظره محمد خاتمی همراه بود. وی توانست بیش از ۲۰ میلیون رای کسب کند. علی‌اکبر ناطق نوری، کاندیدای مورد حمایت رهبر و جریان‌های محافظه‌کار، نزدیک به ۸ میلیون رای به دست آورد. از دوم خرداد ۷۶ به عنوان آغاز "دوره اصلاحات" در ایران نام می‌برند.

یکی از مهمترین اتفاقات دوره اول ریاست جمهوری خاتمی، قتل برخی از چهره‌های سیاسی و فرهنگی منتقد حکومت بود. در آذر ماه ۷۷ داریوش و پروانه فروهر به قتل رسیدند. به فاصله چند روز پس از آن جسد محمد مختاری و محمد جعفر پوینده کشف شد. گرچه در ابتدا قتل‌های زنجیره‌ای را به این چهار مورد محدود کردند، اما روزنامه‌نگاران ایرانی در گزارش‌های خود اعلام کرده‌اند که بیش از ۸۰ نفر در دهه هفتاد به قتل رسیده‌‌اند.

با توجه به حساسیت شدید جامعه نسبت به قتل‌ها، محمد خاتمی کمیته‌ای ویژه مرکب از علی یونسی، علی سرمدی و علی ربیعی را مسئول پیگیری قتل‌ها کرد. پس از تحقیقات این کمیته با پافشاری رئیس جمهور وقت، وزارت اطلاعات در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۷۷ طی اطلاعیه‌ای به صورت رسمی اعلام کرد که عده‌ای از "اعضای خودسر" این وزارتخانه در طراحی و اجرای قتل‌های زنجیره‌ای دست داشته‌اند.

سعید امامی، از مقامات عالی‌رتبه امنیتی جمهوری اسلامی، بهمن ۷۷ بازداشت شد. اما تا خرداد ۷۸ نامی از وی و سایر متهمان در رسانه‌ها منتشر نشد. دادستان مجتمع قضایی نیروهای مسلح در ۳۱ خرداد ۷۸ طی اطلاعیه‌ای مدعی شد که سعید امامی در زندان اوین هنگام استحمام با خوردن داروی نظافت خودکشی کرده‌است. بسیاری بر این نظرند که او را برای جلوگیری از افشای مسائل مربوط به کشتار مخالفان در زندان به قتل رساندند.

روزنامه "سلام" ۲۰ بهمن ۶۹ آغاز به کار کرد. این روزنامه در ۱۵ تیر ۷۸ به جرم "چاپ سند محرمانه" توسط دادگاه ویژه روحانیت به مدت ۵سال توقیف شد. در نامه سعید امامی که پس از مرگش فاش شد، خواسته شده بود که وزارت اطلاعات محدودیت‌های بیشتری را برای اهل قلم در نظر بگیرد.

در جریان محاکمه "سلام" به جز مدعی‌العموم ۴ شاکی دیگر نیز حضور داشتند: کامران دانشجو، محمود احمدی نژاد، مهدی رضا درویش‌زاده (نماینده راستگرای مجلس پنجم) و حمیدرضا ترقی (عضو حزب موتلفه).

نیروهای انتظامی و لباس شخصی در شامگاه ۱۸ تیر ۷۸ در پی اعتراض دانشجویان به توقیف روزنامه "سلام" و تصویب قانون جدید مطبوعات، به خوابگاه‌های کوی دانشگاه در تهران حمله کردند و دانشجویان را مورد ضرب و شتم قرار دادند. این تهاجم به اعتراضات گسترده دانشجویان و مردم در پایتخت و شهرستانها انجامید. گفته می‌شود که در جریان این اعتراض‌ها حداقل سه نفر (عزت ابراهیم‌نژاد، فرشته علیزاده و تامی حامی‌فر) کشته شدند.

یک سال پس از این رویداد قوه قضائیه همه نیروهای پلیس و شبه نظامیان وابسته را تبرئه کرد. فقط یک سرباز ساده به نام اروجعلی ببرزاده به جرم دزدی ریش‌تراش به جزای نقدی محکوم شد. ۱۵۹ نماینده مجلس ششم این اقدام دستگاه قضایی را محکوم کردند.

توقیف همزمان ده‌ها نشریه اصلاح‌طلب و دستگیری روزنامه‌نگاران در اردیبهشت ۱۳۷۹ با استناد به قانون اقدامات تامینی مصوب ۱۳۳۹ (اختیار دستگیری اراذل و اوباش پیش از ارتکاب مجدد به جرم) به "توقیف فله‌ای مطبوعات" معروف شد. چند روز پیش از این اقدام خامنه‌ای در سخنانی گفته بود که "بعضی از این مطبوعاتی که امروز هستند، پایگاههای دشمن‌اند". اصطلاح "توقیف فله‌ای مطبوعات" را نخستین بار میرحسین موسوی به‌کار برد.

سعید حجاریان، عضو آن زمان شورای شهر تهران و از چهره‌های شاخص اصلاح‌طلبان، در ۲۲ اسفند ۷۸ در هنگام ورود به ساختمان شورای شهر توسط سعید عسگر از ناحیه سر هدف گلوله قرار گرفت. سعید عسگر پس از این ترور محاکمه و به ۱۵ سال زندان محکوم شد. اما او را پس از گذشت یک سال از زندان آزاد کردند. حجاریان پس از انتقال به بیمارستان توانست زنده بماند، ولی این ترور او را دچار مشکل حرکتی و بیانی کرده است.

کنفرانسی به دعوت بنیاد هاینریش‌بل آلمان از در فروردین ۷۹ در برلین برگزار شد. حزب سبز آلمان ۱۷ تن از فعالان سیاسی و نویسندگان نزدیک به اصلاح‌طلبان را به این کنفرانس دعوت کرده بود. خامنه‌ای واکنش تندی به این کنفرانس نشان داد. جمعی از شرکت‌کنندگان در بازگشت بازداشت شدند. در این میان حسن یوسفی اشکوری ابتدا به اعدام و سپس به هفت سال زندان و اکبر گنجی ابتدا به ده سال و سپس به شش سال زندان محکوم شدند.

هشتمین انتخابات ریاست جمهوری ایران ۱۸ خرداد ۸۰ برگزار شد. بار دیگر محمد خاتمی توانست با کسب ۲۱ میلیون و ۶۵۰هزار رای رئیس‌جمهور شود. خاتمی هنگام ثبت نام برای انتخابات در جمع خبرنگاران از بی‌میلی برای حضور مجدد گفت‌، اما در حالی که اشک می‌ریخت، افزود که بر عهد پیشین خود با مردم پابرجاست. برخی معتقدند نحوهٔ حضور وی در روز ثبت نام تاثیر زیادی بر جلب آرای شهروندان داشت.

عبدالله نوری وزیر کشور دولت هاشمی رفسنجانی و خاتمی بود. وی به عنوان مدیر مسئول روزنامه "خرداد" در سال ۷۸ محاکمه شد. او را به دادگاه ویژه روحانیت فراخواندند و پس از چندین جلسه محاکمه با اتهام‌هایی مانند توهین به مقدسات، نشر اکاذیب، اقدام علیه امنیت ملی به ۵ سال زندان محکوم کردند. وی پس از تحمل ۳ سال زندان‌ آزاد شد.

شیرین عبادی، حقوقدان، قاضی در دوره پیش از انقلاب و وکیل دادگستری در دوره جمهوری اسلامی، در سال ۲۰۰۳ جایزه صلح نوبل را دریافت کرد. کمیته جایزه صلح نوبل علت این انتخاب را، تلاش‌ عبادی برای ترویج مردم‌سالاری و رعایت حقوق بشر در ایران به ویژه در مورد حقوق زنان و کودکان اعلام کرد. گرچه این وکیل دادگستری در بازگشت مورد استقبال شهروندان قرار گرفت اما فشار نهادهای امنیتی بر وی افزایش یافت.

پیش از انتخابات مجلس هفتم، شورای نگهبان نزدیک به ۴ هزار نامزد این انتخابات از جمله بیش از ۸۰ نماینده مجلس ششم را رد صلاحیت کرد. در پی این اقدام ۱۳۹ نماینده اصلاح‌طلب در اعتراض به رد صلاحیت‌ها در مجلس شورای اسلامی تحصن کردند. با بی‌اثر ماندن اعتراض‌ها و برگزاری انتخابات مجلس هفتم، این نمایندگان اعلام استعفای دسته جمعی کردند. این اقدام بیشتر جنبه‌ نمادین داشت.

نهمین انتخابات ریاست جمهوری ایران در دو مرحله در روزهای ۲۷ خرداد و ۳ تیر ۸۴ برگزار شد. محمود احمدی‌نژاد توانست در دور دوم اکبر هاشمی رفسنجانی را شکست دهد. بدین ترتیب دوران تازه‌ای در ایران آغاز شد؛ دورانی پر تنش در رابطه با غرب. در طول هشت سال ریاست‌جمهوری احمدی‌نژاد، قدرت علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، نیز به شکل آشکارتری بخصوص در تصمیم‌گیری‌های سیاسی تاثیرگذار شد.