حسن روحانی، رئیس ‌جمهوری اسلامی پس از رای عدم اعتماد مجلس به رضا فرجی دانا، ضمن قدردانی از تلاش‌های وی او را به سمت مشاور خود در امور علمی و آموزشی منصوب کرد. همزمان محمدعلی نجفی به‌حکم رئیس‌جمهور سرپرستی وزارت علوم، تحقیقات و فن‌آوری را به‌عهده گرفت.

روحانی، فرجی دانا را از شخصیت های فرهیخته و اندیشمند صاحب‌نظر دانست و گفت: «در دوران مدیرت فرجی دانا بر وزارت علوم، وی برای گسترش علم، ایجاد فضای علمی در دانشگاه، بالابردن کیفیت و ایجاد آرامش در سطح دانشگاه بسیار تلاش کرد. امروز که آقای نجفی را به عنوان سرپرست این وزارتخانه منصوب کردم، می‌خواهم که این مسیر یعنی بالابردن کیفیت و توسعه مسائل فرهنگی و اخلاقی در دانشگاه و حفظ آرامش در سطح دانشگاه‌های کشور را ادامه دهد.»
به گفته رئیس جمهور، فرجی دانا جزء وزرایی بوده که با اصرار وی مسئولیت وزارت را قبول کرده بود.

روحانی گفت: «وزیرعلوم در میان بسیاری از دانشجویان واساتید دانشگاه‌ها محبوب بوده است. نامه های فراوانی درهمین ارتباط در مقاطع مختلف به دست من رسید، اما من از دانشجویان، اساتید و صاحب نظران می خواهم که همگی به رای مجلس احترام بگذاریم.»

بازگشت نجفی به کابینه

محمد علی نجفی یکی ازسه وزیر پیشنهادی روحانی بود که موفق به دریافت رای اعتماد از مجلس شورای اسلامی نشد. او با وجود این‌که رای اعتماد نیمی از نمایندگان مجلس را جلب کرده بود، با اختلاف یک رای از مجموع ۲۸۴ رای، موفق به نشستن بر مسند وزارت آموزش و پرورش در کابینه حسن روحانی نشد.

بیشتر نمایندگان مخالف، او را به حضور در جریان اعتراضات پس از اعلام نتایج انتخابات ۱۳۸۸ متهم کردند. دو روز بعد از عدم دریافت رای اعتماد نجفی، حسن روحانی در حکمی او را به عنوان معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری کشور منصوب کرد.

نجفی پس از گذشت چندماه، در بهمن‌ماه ۱۳۹۲، از ریاست سازمان میراث فرهنگی استعفا داد و پس از آن، به عنوان مشاور رئیس جمهور و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی جمهوری اسلامی منصوب شد.

وی پیش از این، در وزارتخانه‌های فرهنگ و آموزش عالی و آموزش و پرورش سابقه وزرات دارد. در دولت اول محمد خاتمی هم رئیس سازمان برنامه و بودجه بود. نجفی در ۱۳۸۶ به عضویت در سومین دوره شورای شهر تهران در آمد و در ۲۹ مرداد ۱۳۹۲ به دنبال انتصاب به عنوان معاون رئیس جمهور از این سمت استعفا کرد.

در جریان بررسی طرح استیضاح وزیرعلوم، نمایندگان مجلس شورای اسلامی صبح امروز ۱۴۵ نفر از نمایندگان مجلس به پایان ماموریت فرجی‌دانا رای دادند. ۱۱۰ نفر از نمایندگان مخالف این تصمیم بودند و ۱۵ نفر از آن‌ها رای ممتنع دادند. طرح استیضاح از سوی فراکسیون "رهروان ولایت" تسلیم هیئت‌مدیره مجلس شده بود.