به‌رغم هشدار و تهدیدهای دولت‌های ترکیه، ایران و عراق روز دوشنبه (۲۵ سپتامبر) مقا‌م‌های اقلیم کردستان عراق می‌گویند همه‌پرسی را برگزار می‌کنند. مسعود بارزانی طرح برگزاری همه‌پرسی استقلال را در ژوئیه سال ۲۰۱۴ اعلام کرده بود.

حمله نیروهای ارتش عراق در سال ۱۹۹۱ و تصرف کویت با عملیات نیروهای ائتلاف به رهبری آمریکا روبرو شد و نیروهای این کشور در ماه مارس از کویت بیرون رانده شدند.

در پی شکست نیروهای عراقی در کویت، شبه نظامیان کرد مدافع دولت صدام حسین، به حزب دموکرات و اتحادیه میهنی کردستان پیوستند. پایان عملیات نیروهای ائتلاف و حمله ارتش عراق به مناطق کردنشین منجر به گریختن یک و نیم میلیون کرد شد.

در حالی که ترکیه مرزهای خود را بسته بود، در آوریل ۱۹۹۱ نیروهای ائتلاف در شمال عراق (بالای مدار ۳۶ درجه) منطقه پرواز ممنوع اعلام کردند تا مانع از حملات ارتش صدام حسین به کردهای شمال عراق شوند. از آن زمان اداره امور به دست کردهای ساکن منطقه افتاد.

در حالی که گفت‌وگوهای حزب دموکرات و اتحادیه میهنی با دولت بغداد در زمینه خودمختاری انجام می‌شد، پیشمرگه‌های کرد در ماه ژوئیه سال ۱۹۹۱شهرهای اربیل و سلیمانیه را تصرف کردند و جنگ دیگری در ماه اکتبر همان سال بین دولت صدام حسین و پیشمرگه‌ها درگرفت و با بسته شدن راه‌ها کردستان در محاصره ارتش عراق قرار گرفت.

در انتخاباتی که در ماه مه سال ۱۹۹۲ در مناطق تحت کنترل کردها در شمال عراق برگزار شد، حزب دمکرات ۵۱ درصد و اتحادیه میهنی ۴۹ درصد آرا را بدست آورد. در سپتامبر همان سال کنگره ملی عراق که از گروه‌های مخالف صدام تشکیل شده بود در صلاح‌الدین تشکیل جلسه داد.

درگیری نیروهای حزب دموکرات و اتحادیه میهنی در ماه مه سال ۱۹۹۴ به جنگ داخلی در کردستان منتهی شد تا جایی که در اوت سال ۱۹۹۶ مسعود بارزانی از صدام حسین درخواست کمک کرد. نیروهای حزب دموکرات با کمک ارتش صدام، شهرهای اربیل و سلیمانیه را از دست نیروهای اتحادیه میهنی به رهبری طالبانی خارج کردند و دولت جدید در اربیل مستقر شد.

سازمان ملل متحد در ماه مه سال ۱۹۹۶ بر سر طرح فروش "نفت برای غذا" با دولت عراق به توافق رسید و قرار شد ۱۳ درصد درآمد حاصل از فروش نفت در اختیار سه استان تحت کنترل کردها قرار بگیرد.

جلال طالبانی و مسعود بارزانی در سپتامبر سال ۱۹۹۸ در واشنگتن قرارداد صلحی را بین نیروهای حزب دمکرات و اتحادیه میهنی امضا کردند.

همزمان با حملات ۱۱ سپتامبر سال ۲۰۰۱ به برج‌های تجارت جهانی توسط شبکه تروریستی القاعده، درگیری نظامی بین نیروهای اتحادیه میهنی و گروه جندالاسلام صورت گرفت. این گروه بعدا به انصار اسلام تغییر نام داد. پس حمله ۱۱ سپتامبر، عملیات نظامی آمریکا در افغانستان آغاز شد و بحث بر سر حمله نیروهای ائتلاف به عراق نیز بالاگرفت.

نیروهای ائتلاف به رهبری آمریکا روز ۲۰ مارس سال ۲۰۰۳ به عراق حمله کردند و بمباران بغداد و دیگر شهرهای این کشور آغاز شد و حکومت صدام حسین فروپاشید. در همین زمان اتحادیه میهنی و حزب دموکرات "رهبری عالی مشترک" در مناطق تحت تسلط کردها تشکیل دادند که ریاستش به عهده رهبران دو حزب، مسعود بارزانی و جلال طالبانی بود.

در اولین انتخابات دوران "پسا صدام" ائتلاف احزاب کرد موفق شد در انتخابات سراسری عراق در مکان دوم قرار گیرد و ۷۷ نماینده در ژانویه سال ۲۰۰۵ به مجلس موقت اعزام کند.

نمایندگان موقت مجلس عراق در ماه آوریل سال ۲۰۰۵، جلال طالبانی، رهبر اتحادیه میهنی کردستان را به عنوان رئیس جمهور موقت کشور انتخاب کردند.

در سال ۲۰۰۵ خبر کشف ذخائر بزرگ نفت در مناطق کرد نشین منتشر شد. از اواسط سال ۲۰۰۶ پرچم کردستان برفراز ساختمان‌های دولتی جای پرچم عراق را گرفت. و در ماه مه ۲۰۰۷ دولت اقلیم کردستان، تامین امنیت سه استان کرد‌نشین شما را از نیروهای آمریکایی تحویل گرفت.

در ماه ژوئیه سال ۲۰۱۴ مسعود بارزانی طرح برگزاری همه‌پرسی استقلال را که قرار بود همان سال برگزار شود اعلام کرد. او استقلال را یک "حق طبیعی" دانست. در ژوئن سال ۲۰۱۷ و در یک نشست "فراحزبی" روز ۲۵ سپتامبر برای برگزاری همه‌پرسی استقلال تعیین شد. در سپتامبر این سال پارلمان اقلیم که دو سال در تعلیق بسر می‌برد، بازگشایی شد تا همه پرسی را تایید کند.