محمد خاتمی، رییس‌جمهوری سابق ایران در این پیام خبر درگذشت هدی صابر، فعال ملی مذهبی را "تلخ و سنگین" خواند. وی در این پیام که خطاب به فیروزه صابر، خواهر هدی صابر نوشته شده، آورده است: « هدی صابر به دیدار معشوق و معبود خود شتافت. انسانی که با ایمان زندگی کرد و بندگی خدا را با دلسوزی نسبت به همه بندگان خدا و خدمت به آنان و نگاهداشت حق و حرمتشان پاس می‌داشت و از تحمل رنج و محرومیت در جهت باورهای خود ابا نداشت.» محمد خاتمی در پایان پیام خود درگذشت هدی صابر را به خانواده صابر، فریده جمشیدی و فرزندانش تسلیت گفته است.