گرچه ریشه‌های مهاجرت دانشگاهیان و نخبگان در جهان متنوع است، اما بحران فرار مغزها  در ایران در ارتباط با چندین دهه جدایی ایران از اقتصاد جهانی، سرمایه‌گذاری‌های ناکافی، فساد ریشه‌دار و نگاه ایدئولوژیک در سیاست‌های کلان است. علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی خروج نخبگان را توطئه و برنامه‌ریزی غرب با هدف "معارضه" می‌داند.

او پیش‌تر گفته بود: «خبرهایی دارم؛ بررسی می‌کنند، جستجو می‌کنند، نخبه‌ها را پیدا می‌کنند؛ نه برای اینکه در داخل تشویق بشوند، تربیت بشوند؛ بلکه برای عوامل بیرونی، که به آنها معرفی کنند، حلقه‌ واسطی بشوند برای مهاجرت نخبگان و به تعبیر رایج فرار مغزها.»

فرار مغزها موضوع کاریکاتور این هفته مانا نیستانی برای دویچه وله فارسی است.