پدر كارل گگنباور (Carl Gegenbaur) حقوقدان بود و خانواده آزادی‌خواهی داشت كه فرزند را در انتخاب رشته آزاد گذاشتند. كارل در زادگاهش به مدرسه رفت و از همان نوجوانی در دبيرستان گاه جانوران را كالبدشكافی می‌كرد.

۱۹ ساله بود كه در زادگاهش به دانشگاه رفت و در ۲۵ سالگی با درجه دكترا دانشگاه را به پايان رساند.

۲۸ ساله بود كه به درجه فوق دكترا در رشته كالبدشناسی رسيد و از همان سال به تدريس در دانشگاه زادگاهش پرداخت. گگنباور نخست به پژوهش در خصوص جانواران بی‌مهره پرداخت اما رفته رفته به كالبدشناسی در زمينه مهره داران هم علاقه‌مند شد.

۴۷ ساله بود كه به عنوان استاد زيست شناسی، كالبدشناسی و كالبدشكافی به شهر هايدلبرگ رفت و تا پايان عمر در آنجا به تدريس مشغول شد.

كارل گگنباور از هواداران تئوری داروين است و در رشته كالبدشناسی مقايسه‌ای يعنی تعيين و تشخيص تيره‌های جانواران، از نوآوران بلندپايه به شمار می‌رود.

گگنباور با ثبت وجوه اشتراک انواع مشخصی از حيوانات، هم خانواده بودنشان را تشخيص داده و مفهوم هومولوژی (Homologie) يا "قرينه‌شناسی عمومی و خصوصی‌" را وارد اين دانش كرده است.

او از طريق بررسی جمجمه جانواران به هم‌تيره بودن آنها می‌رسد و در اين ميان انسان را برآمده از جانواران آبزی می‌داند.
هم اكنون شش نوع از جانواران آبزی را به ياد او نامگذاری و ثبت كرده‌اند.

گگنباور همانند چارلز داروين جدول مفصلی از جانواران تهيه و تدوين كرده و از طريق آن تكامل انواع جانداران و تيره‌ها و گونه‌های مختلف آنها را نشان داده است.

كارل گگنباور در ۷۷ سالگی در شهر هايدلبرگ در جنوب آلمان درگذشت.