دکتر افریدی به اتهام کمک به آمریکا برای یافتن مخفیگاه بن لادن نزدیک به یک سال را در زندان سازمان اطلاعات پاکستان سپری کرد. وی متهم شده بود که با راه انداختن یک برنامه جعلی واکسیناسیون و بدست آوردن نمونه "دی ان ای" بن لادن در کشف محل اختفای وی به سازمان‌های اطلاعاتی آمریکا کمک کرده است.

طبق حکم دادگاهی در پاکستان که روز چهارشنبه (۲۳ مه/ ۳ خرداد) صادر شد، دکتر افریدی به اتهام "خیانت به میهن" به ۳۳ سال حبس و پرداخت ۳۳۰۰ یورو جریمه نقدی محکوم شد. طبق حکم دادگاه چنانچه وی جریمه نقدی مقرر شده را پرداخت نکند‌، مدت محکومیت وی سه سال و نیم افزایش خواهد یافت.

حکمی که برای این پزشک ۵۰ ساله صادر شده برگرفته از ماده‌ی قانونی است که قدمت آن به زمان استعمار بریتانیا بر پاکستان باز می‌گردد. چنانچه دکتر افریدی بر اساس قوانین جزایی پاکستان محاکمه می‌شد، احتمال می‌رفت که حکم اعدام برای وی صادر شود.

بن لادن، رهبر شبکه تروریستی القاعده، یک سال پیش در طی عملیات مخفیانه آمریکا در شهر ابیت‌آباد کشته شد. در ماه‌های منتهی به کشته شدن بن لادن در سال ۲۰۱۱ در چارچوب طرحی جعلی که از سوی سازمان مرکزی اطلاعات آمریکا (سیا) هدایت می‌شد، واکسیناسیون فلج اطفال به صورت خانه به خانه در ابیت آباد به اجرا درآمد.

سازمان سیا از مدت‌ها پیش از اجرای این طرح، خانه‌ای را که بن لادن در آن مخفی شده بود، زیر نظر داشت. مأموران سیا امیدوار بودند که از طریق اجرای این طرح به نمونه‌‌ای از دی ان ای یکی از اعضای خانواده بن لادن دست یابند. نمونه به دست آمده پس از تطبیق با دی ان ای خواهر بن لادن که در سال ۲۰۱۰ در شهر بوستون آمریکا به خاک سپرده شده بود، در نهایت به مأموران آمریکایی در تأیید هویت ساکنان این خانه کمک رساند.