Cette guerre a débouché en avril 1994  sur le génocide des Tutsis et des Hutus modérés qui a fait selon l'ONU 800.000 morts.

Après une révolution qui, en 1961, a remplacé la monarchie des Tutsis par une république dirigée par les Hutus, des milliers de Tutsis se sont exilés en Ouganda voisin pour éviter les représailles. 

Près de 30 ans après, les exilés décident de rentrer au Rwanda et créent en 1988 un mouvement, le Front patriotique rwandais (FPR), qui se dote par la suite d’une armée. Objectif : négocier leur retour. 

Selon Filip Reyntjens, professeur à l'Université d'Anvers et spécialiste de la région des Grands Lacs et du Rwanda, "le parti unique de l’époque (Mouvement républicain national pour la démocratie et le développement) avait décidé en 1986 que tous les réfugiés ne pouvaient pas rentrer puisque le Rwanda était plein. Et il est vrai que le Rwanda était et reste d’ailleurs le pays le plus densément peuplé d’Afrique. Cette décision du comité central du MRND a fait comprendre aux leaders des réfugiés que l’exil était devenu définitif. Or, ils voulaient mettre fin à cette situation. La seule solution à leur situation était donc le retour au Rwanda de façon paisible si possible, de façon armée si nécessaire. Et le 1er octobre 1990, c’est la voie armée qui a été privilégiée".

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Offensive militaire

Face à ce qui est considéré comme un refus du pouvoir hutu en place, le FPR, dirigé à l’époque par son fondateur Fred Rwigema, lance depuis l'Ouganda sa première offensive contre le Rwanda. L’offensive échoue, notamment grâce à l’aide de la France qui a déployé l’opération Noroît. 

10.000 Tutsis et opposants politiques sont arrêtés à Kigali par le pouvoir en place. Une bonne partie est "massacrée" dans la préfecture de Gisenyi, à la frontière de la République démocratique du Congo.  

Accord de paix

Le 4 août 1993, à Arusha en Tanzanie, le Front patriotique rwandais avec à sa tête Paul Kagame signe un accord de partage du pouvoir avec les autorités de Kigali. L’accord prévoyait l’intégration des Tutsis dans le gouvernement et dans l’armée et la fin de l’opération française Noroît.

Génocide

La paix fut de courte durée. Car le 6 avril 1994, l’avion présidentiel offert par la France, avec à son bordle président rwandais Juvénal Habyarimana, un Hutu, et son homologue burundais, Cyprien Ntaryamira, est frappé par un missile. 
L’avion s’écrase à proximité de l’aéroport de Kigali. L’annonce de sa mort a déclenché le génocide. Celui-ci s’est achevé le 17 juillet 1994 avec la prise du pouvoir par le Front patriotique rwandais dirigé par Paul Kagame. 

Vingt-six ans plus tard, et après quatre mandats, le président rwandais s’est transformé en autocrate qui emprisonne ses opposants, s’éloignant ainsi des objectifs que s’était fixé le FPR : restaurer la démocratie au Rwanda.