En 2021, trois mois seulement après le second coup d’État de la junte menée par Assimi Goïta, Soumeylou Boubèye Maïga avait été inculpé puis placé sous mandat de dépôt. Le tout dans le cadre de l’affaire dite de l’avion présidentiel, acquis par l’État malien en 2014. Boubèye Maïga dirigeait alors le ministère de la Défense. Pendant sa détention à la Maison centrale d’arrêt de Bamako, son état de santé s'était considérablement détérioré jusqu‘à son décès, le 21 mars 2022, à la clinique Pasteur, à Bamako, en dépit des demandes répétées de ses proches, afin qu'il soit évacué à l'étranger pour des soins médicaux.

Un an après son décès, sa famille politique et biologique exige toujours que la lumière soit faite sur les circonstances de sa disparition. C'est le cas par exemple d'Abdina Karembé, président de la jeunesse de l'Alliance pour la solidarité au Mali-Convergence des forces patriotiques (ASMA-CFP), le parti de feu Soumeylou Boubeye Maïga.

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