L'acte d'accusation ne comportait pas moins de 170 points. Thomas Hartmann, conseiller militaire du Pentagone chargé des poursuites judiciaires, résume les principales demandes des procureurs à l'égard des six membres présumés d'al Qaida:
«Les accusés vont certainement être condamnés à mort. Chacun d'entre eux est poursuivi pour conspiration, meurtre et violation du droit de la guerre, attaque de civils et d'objets civils, blessures corporelles graves préméditées, destruction de la propriété d'autrui, terrorisme et soutien matériel au terrorisme.»
Parmi les six accusés se trouve le planificateur des attentats du World trade center qui ont fait au total 2974 victimes:

«Khalid Cheikh Mohamed était le cerveau du 11 septembre 2001. Dès 1996, il a soumis le plan à Oussama ben Laden et a obtenu son accord ainsi qu'un soutien financier pour les attentats. C'est lui qui supervisait l'opération dans tous ses détails et qui a formé les terroristes de A à Z. En Afghanistan et au Pakistan.»
Ces acccusations se basent sur des propos de Khalid Cheikh Mohamed lui même qui aurait avoué être à l'origine de toute l'organisation de ces attentats, mais aussi du premier attentat contre le World Trade Center en 1993, ou encore des attentats de Bali en 2002. Cela dit, ces aveux sont contestés depuis que la CIA a reconnu avoir eu recours à la technique du "waterboarding", ou simulation de noyade. Cette pratique est considérée comme un acte de torture par la Convention internationale contre la torture et dénoncée par les organisations des droits de l'homme qui stigmatisent aussi les tribunaux spéciaux. Le chercheur Rob Freer de la branche américaine d'Amnesty International:
«Ces tribunaux militaires ont été mis en place précisément pour obtenir des jugements avec beaucoup moins de preuves que devant une cour de justice normale.»
La Cour suprême doit se prononcer dans les prochains mois sur un recours concernant le droit des prisonniers de Guantanamo, ce qui pourrait conduire à de nouvelles plaintes et retarder une fois de plus les procédures devant les tribunaux spéciaux.