L’insécurité dans le Nord-Kivu et le Sud-Kivu remonte au génocide Rwandais en 1994.

Le Front patriotique rwandais (FPR), à majorité tutsie, a réussi à chasser le pouvoir hutu et prend le pouvoir à Kigali. 

Des milliers de Hutus trouvent refuge dans l’est du Congo et créent les FDLR, les Forces démocratique de libération du Rwanda. 

La conséquence est que le nouveau pouvoir tutsi vient les traquer jusque sur le sol congolais, explique Jean-Claude Mputu, politologue :

"Des milliers pour ne pas dire des millions de personnes se sont enfui au Congo. Parmi ces personnes, il y avait évidemment des génocidaires rwandais. Il aurait fallu les déplacer loin de la frontière mais la communauté internationale, qui avait poussé à cette solution, n’a jamais offert les moyens de déplacer ces populations loin de la frontière rwandaise."

Le coup de force de Laurent Désiré Kabila

Vers le milieu de l’année 1996, Laurent Désiré Kabila, avec le soutien du Burundi, de l’Ouganda et du Rwanda, crée l’Alliance des forces démocratiques pour la libération du Zaïre (AFDL) et déclenche plusieurs offensives contre les forces armées Zaïroises. 

Le 16 mai 1997,  le président de l’époque, Mobutu Sese Seko, est renversé. Le Zaïre devient la République démocratique du Congo qui est contrôlée par les armées des pays voisins.

Après une courte période d’accalmie, la guerre reprend entre 1998 et 2003. Elle implique alors les neufs pays voisins de la RDC et une trentaine de groupes armés. 

Selon Boniface Musavuli, spécialiste des questions de sécurité, l’exploitation des ressources minières sont une des causes du conflit qui se poursuit encore aujourd’hui :

"La porte a été ouverte en 1996 aux armées de ces trois pays (Ouganda, Burundi, Rwanda). Elles ont créé sur le sol congolais des réseaux dans le cadre de l’exploitation et du trafic des ressources minières du Congo. Donc ces guerres sont essentiellement des guerres de pillage et d’accaparement des ressources minières et autres ressources naturelles de l’est du Congo."

Grâce à l’implication de la communauté internationale, la deuxième guerre a pris fin en juin 2003. 

Mais en 2004, une autre guerre éclate dans l’est : la guerre du Kivu. Le 23 mars 2009, un accord de cessez-le feu est signé entre le Congrès national pour la défense du peuple du chef rebelle Laurent Kunda et les autorités de Kinshasa. 

Mais l’accord vole en éclat et la guerre reprend

Les partisans de Laurent Nkunda, qui ont dénoncé la violation de l’accord du 23 mars 2009 par Kinshasa, se rebellent de nouveau et créé le mouvement du M23. 

Accusés de graves violations des droits de l’homme, les rebelles sont défaits par l’armée Congolaise et la Monusco en novembre 2013, après 18 mois de guerre dans le Nord-Kivu.