Après la proclamation des résultats provisoires du triple scrutin par la Céni, la seule voie de recours pour l’opposition était de saisir la Cour constitutionnelle. Agathon Rwasa, le président du Congrès national pour la liberté, refuse de reconnaitre la validité des résultats : 

"La population burundaise est assez mûre, elle l’a démontré, elle veut du changement. Si on a les procès-verbaux, nous allons utiliser toutes les procédures qui sont reconnues par la loi et voir si on peut avoir gain de cause."

Son recours a néanmoins peu de chances d’aboutir au rejet du scrutin. Il est très rare que la Cour constitutionnelle contredise les résultats de la Commission électorale nationale indépendante. 

Selon ceux-ci, le parti présidentiel a obtenu 72 sièges à la chambre basse du Parlement. Son opposant, le Congrès national pour la liberté, dispose de 27 sièges et deux autres sièges sont attribués au parti Union pour le progrès national. 

Cette domination du parti présidentiel aura de graves conséquences sur la gestion du pays, selon Aloys Baricako, le président de la coalition d’opposition Kira Burundi :

"Nous allons avoir un parlement où les députés du parti CNL, si celui-ci accepte le verdict des urnes, et ceux de l’UPRONA n’auront rien à modifier aux décisions voulues par le CNDD-FDD qui va être majoritaire et décider seul. C’est quasiment un Parlement avec un seul parti et nous allons en subir les conséquences. Mais ça dépendra aussi de la volonté politique des nouveaux dirigeants. Ils peuvent faire des consultations et peut être admettre de gouverner en tenant compte des conseils prodigués par d’autres partis ou forces politiques."

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Sept candidats ont participé au triple scrutin. Seuls trois ont pu totaliser 1% de voix à l’échelle nationale : le CNDD-FDD, le parti présidentiel qui détient la majorité de sièges, le Congrès national pour la liberté (CNL) d’Agathon Rwasa et l’Union pour le progrès national (UPRONA).