इस समय आदेश देने वाली सरकार प्रमुख इंदिरा गांधी थीं. इस सैन्य अभियान का उद्देश्य था स्वर्ण मंदिर से जरनैल सिंह भिंडरावाला को खत्म करना. भिंडरावाला पर गुरुद्वारे में भारी मात्रा में हथियार जमा करने और सशस्त्र विद्रोह की शुरुआत करने के आरोप लगाए गए थे.
जिस समय यह ऑपरेशन शुरू किया गया, सेना को जानकारी थी कि स्वर्ण मंदिर के आसपास 17 इमारतों पर 'आतंकवादियों' का कब्जा है.

सरकार ने ख्याल था कि स्थिति जल्द ही नियंत्रण में आ जाएगी, लेकिन कार्रवाई तीन दिन तक चलती रही. छह जून को यह खत्म हुई. एक ऐसी कार्रवाई जिसने पूरे देश की राजनीति का नक्शा बदल दिया. इसी अभियान के चार महीने बाद प्रधानमंत्री इंदिरा गांधी की हत्या कर दी गई. इसके बाद पूरे देश में सिख विरोधी दंगे भड़के.

इस अभियान का असर कितना है, यह हाल की घटना दिखाती है, जब लंदन में सेवानिवृत्त लेफ्टिनेंट जनरल केएस बरार पर हमला किया गया. बरार ने ही ऑपरेशन ब्लू स्टार का नेतृत्व किया था. जिस समय उन पर हमला हुआ वह लंदन में निजी छुट्टी पर थे. इस हमले में वह घायल हो गए.