Kratko nakon svog 75. rođendana patrijarh Aleksej II. je dobio Orden zasluga za domovinu. Bilo je to u proljeće 2004. a orden mu je predao tadašnji predsjednik Putin osobno. Poglavar Ruske pravoslavne crkve je u zahvalnom govoru rekao: "Vidim ovo kao veliko priznanje ne samo meni i mojim zaslugama, nego i cijeloj ruskoj pravoslavnoj crkvi koja je uvijek u svojoj tisućljetnoj povijesti bila na strani naroda - u sretnim i teškim trenucima. Tako je uvijek bilo i tako će uvijek biti."

Crkve zasjale novim sjajem

Aleksej II. bio je na čelu Ruske pravoslavne crkve od 1990. Njegovo ime će ostati nerazdvojno povezano s porastom značaja crkve u Rusiji nakon što je u doba Sovjetskog Saveza desetljećima bila u nemilosti. U 90-etim godinama prošlog stoljeća općine su dobile natrag svoje crkve koje su u SSSR-u bile pretvorene u biblioteke, muzeje ili nešto drugo. Tisuće restauriranih crkava sa zlatnim kupolama danas sjaje novim sjajem. Milijuni Rusa ponovno se izjašnjavaju kao pravoslavni vjernici.

Kritike na račun Katoličke crkve

Iako je Aleksej bio skloniji ekumenskim idejama i manje nacionalistički nastrojen nego neki drugi visoki predstavnici pravoslavne crkve, odnos prema Katoličkoj crkvi se za njegovog stolovanja pogoršao. On je Katoličkoj crkvi predbacivao da ofenzivno misionira među pravoslavnim vjernicima. 2002. je spriječio posjet poljskog pape Ivana Pavla II.. Rusiji, što je dovelo do vrhunca zahlađenja odnosa s Vatikanom.