Memiliki nama lengkap Abu Bakar Ba'asyir bin Abu Bakar Abud, ia lahir di Jombang, Jawa timur pada tanggal 17 Agustus 1938. Di tahun ini usianya akan memasuki angka yang ke-81 tahun. Pada tahun 1959, Ia mendalami pendidikan agama sebagai santri di Pondok Pesantren Gontor, Ponorogo, Jawa Timur. Ia juga diketahui merupakan alumni Fakultas Dakwah Universitas Al-Irsyad, Solo, Jawa Tengah.

Abu Bakar Ba'asyir diketahui pernah menjadi aktivis Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) Solo dan sekretaris Pemuda Al Irsyad, Solo. Ia juga penah menjabat sebagai pemimpin tertinggi organisasi Gerakan Pemuda Islam Indonesia (GPII) pada tahun 1961. Ia juga menjadi Ketua Lembaga Dakwah Mahasiswa Islam sekaligus mendirikan dan memimpin Pondok Pesantren Al Mu'min pada tahun 1972 di Sukoharjo, Jawa Tengah.

Pada masa Orde Baru, Ba'asyir vokal menyerukan penolakannya terhadap asas tunggal Pancasila. Pada tahun 1983 ia bersama rekannya, Abdullah Sungkar ditangkap karena dituduh menghasut orang untuk menolak Pancasila. 11 Februari 1985 mereka berdua melarikan diri ke Malaysia. Pada momen inilah Ba'asyir diduga membentuk gerakan islam radikal, Jamaah Islamiyah, yang menjalin hubungan dengan Al Qaida.

12 Oktober 2002, rentetan bom meledak di tiga tempat terpisah di Bali. Dua ledakan awal terjadi di Paddy's Irish Pub dan Sari Club yang berada di Kuta, sementara ledakan ketiga terjadi di dekat Konsulat Amerika Serikat di Denpasar. 202 orang diketahui tewas akibat kejadian ini. Abu Bakar Ba'asyir akhirnya ditetapkan sebagai tersangka pelaku pemboman oleh Kepolisian Republik Indonesia.

Setelah bebas mendekam dari balik jeruji atas kasus Bom Bali I, pada tanggal 9 Agustus 2010 Abu Bakar Ba'asyir kembali ditangkap Kepolisian Republik Indonesia atas tuduhan mendirikan cabang organisasi terorisme Al Qaeda di Aceh. Pada 16 Juni 2011, Ba'asyir akhirnya divonis 15 tahun penjara setelah terbukti mendanai latihan teroris di Aceh dan mendukung adanya terorisme di Nusantara.

Presiden Joko Widodo putuskan untuk membebaskan Abu Bakar Ba'asyir dengan alasan pertimbangan kemanusiaan. Ia menunjuk Yusril Ihza Mahendra untuk mengurus proses pembebasan dalang pelaku Bom Bali 1 tersebut. Ia telah menjalani masa hukuman 9 tahun dari total hukuman 15 tahun penjara.

Berdasarkan keterangan Yusril, Abu Bakar Ba'asyir enggan untuk menandatangani dua persyaratan terkait pembebasannya. Ia enggan menandatangani keterangan setia pada Pancasila dan keterangan tidak akan mengulangi perbuatannya. Alasannya, ia hanya setia terhadap Islam dan merasa tidak pernah melakukan tindak pidana terorisme.