Menurut keterangan resmi, dalam pertemuan dengan presiden Pervez Musharraf, Khan sudah meminta amnesti. Musharaf bersama dewan keamanan nasional harus memutuskan, apakah Khan dan tersangka lainnya akan diajukan ke pengadilan. Keputusan mengenai hal iitu, diperkirakan akan dibuat pekan ini juga. Khan yang di negaranya dipandang sebagai pahlawan nasional, karena dalam sengketa dengan India, dapat menjadikan Pakistan sebagai negara atom, telah dipecat dari jabatannya sebagai penasehat pemerintah.