Namun komisi ini hanya merekomendasikan agar presiden Indonesia dan presiden Timor Leste bersama-sama menyatakan permohonan maaf.

Dalam wawancara khusus dengan Radio DW, Ketua KKP dari Indonesia Benjamin Mangkudilaga menyatakan, panduan dasar kerja KKP sejak awal memang tidak mengarahkan rekomendasinya kepada tuntutan hukum dan peradilan baru.

Komisi Kebenaran dan Persahabatan (KKP) dibentuk tahun 2005 oleh pemerintah Indonesia dan Timor Leste, untuk memecah kebuntuan penyelesaian hukum kasus kekerasan dan penghancuran di Timor Leste sepanjang pelaksanaan hingga selesainya referendum tahun 1999.

Anggota komisi ini terdiri dari lima tokoh Indonesia dan lima tokoh Timor. Selain bekas hakim agung Benjamin Mangkudilaga, tokoh terkemuka Indonesia lain di komisi ini adalah bekas kepala staf teritorial TNI, Jenderal Agus Widjojo.

Laporan itu menyimpulkan, pelanggaran berat HAM dilakukan aparat keamanan Indonesia dalam bentuk pembunuhan, perkosaan dan berbagai kekerasan seksual lain, penyiksaan, dan penahanan secara tidak sah. Selruh kejahatan atas kemanusiaan itu dilakukan secara terencana dan terorganisasi terhadap rakyat sipil pro kemerdekaan.

KKP menarik kesimpulan-kesimpulan ini setelah melakukan berbagai dengar pendapat dengan berbagai kalangan di Timor dan Indonesia, termasuk para korban, milisi pro integrasi, serta para petinggi militer Indonesia saat itu.