Wayan Mirna Salihin tewas setelah meminum kopi di sebuah kafe di Jakarta. Setelah persidangan bak tayangan sinetron, Jessica Wongso yang berada bersama korban saat kejadian, divonis bersalah atas kematian Mirna dan diganjar hukuman 20 tahun penjara. Kasus kopi bersianida ini menyedot perhatian luas publik.

Memasuki tahun 2016, aksi teror kembali melanda Indonesia. 14 Januari 2016, Indonesia dikejutkan dengan serangan teror bersenjata dan serangan bom bunuh diri kawasan di Sarinah, Jakarta. Diduga, pelakunya terkait dengan jaringan Islamic State - ISIS. Masyarakat berunjuk rasa menentang aksi terorisme.

Masih di awal tahun, Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Mohamad Nasir melarang kelompok lesbian, gay, biseksual dan transgender (LGBT) masuk kampus. Alasannya: tidak sesuai dengan nilai-nilai dan kesusilaan bangsa. Setelah pernyataannya itu, isu LGBT di Indonesia kembali memanas sepanjang tahun 2016.

Di Kalimantan Barat, Ribuan eks anggota Gerakan Fajar Nusantara (Gafatar) mengalami tindak kekerasan. Rumah-rumah mereka dibakar dan mereka diusir. Isu Gafatar terkuak setelah laporan beberapa orang menghilang dan diduga bergabung dengan organisasi ini. Majelis Ulama Indonesia (MUI) mengeluarkan fatwa, Gafatar.aliran sesat.

Meski gagal meraih penghargaan Grammy, pianis cilik Indonesia, Joey Alexander tampil memukau dalam ajang penghargaan musik bergengsi Grammy Award, pada bulan Februari 2016. Bocah ajaib berusia 13 tahun ini, menjadi kandidat penerima penghargaan bergengsi industri musik di Amerika Serikat, Grammy Awards dalam dua tahun berturut-turut.

Kabupaten Banjarnegara berkali-kali mengalami musibah longsor. Mulai dari bulan Maret 2016, dimana ratusan warga terpaksa mengungsi, lalu pada bulan Juni, tiga orang tewas akibat tertimbun di Dukuh Gumelem hingga bulan September yang memakan satu korban jiwa. Di bulan yang sama longsor melanda Sumedang. Longsor juga memutus jalur antarkota di Jawa Barat.

Bulan April 2016, belasan remaja di Bengkulu melakukan perkosaan massal dan pembunuhan keji terhadap anak di bawah umur bernama Yuyun. Otak pelaku dijatuhi vonis hukuman mati, sisanya diganjar hukuman berbeda. Perbuatan biadab itu memunculkan kembali gagasan hukuman kebiri kimia bagi pemerkosa anak di bawah umur.

Gerhana matahari total sambangi Indonesia, 9 Maret 2016. Semakin ke timur durasi gerhana semakin lama. Gerhana matahari total  2016 melintasi Bengkulu, Sumatera barat dan selatan, Bangka Belitung, Jambi, Kalimantan barat, tengah, selatan dan Timur, Sulawesi barat dan tengah, serta Maluku Utara. Pada 1 September 2016, gerhana matahari sebagian atau gerhana matahari cincin terlihat di Indonesia.

Dari Januari hingga Desember 2016, Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) sudah 15 kali.berhasil melakukan Operasi Tangkap Tangan (OTT) kasus korupsi. Jumlah penangkapan tahun 2016 merupakan yang terbanyak sepanjang KPK berdiri. Mereka yang diciduk antara lain: Damayanti Wisnu (PDI –P), Mohamad Sanusi (DPRD DKI), hakim tipikor Bengkulu dan panitera pengadilan Jakarta Utara.

Ganda campuran Tontowi Ahmad dan Liliyana Natsir mempersembahkan medali emas untuk Indonesia di Olimpiade 2016. Menyambut kemenangan mereka, tepat tanggal 17 Agustus 2016, lagu Indonesia Raya berkumandang di ajang olahraga bergengsi di dunia ini.Kebeberhasilan mereka juga menjadi pengingat pentingnya toleransi dalam masyarakat Indonesia yang majemuk.

Hujan lebat bulan September 2016 memicu banjir bandang di Garut, Lebih dari 30 orang meninggal dunia. Bulan Oktober, banjir bandang terjang Gorontalo. Sepanjang 2016, Bandung beberapa kali alami kebanjiran. Ratusan orang terpaksa mengungsi. Selain karena cuaca ekstrem, banjir terjadi akibat penyempitan bantaran sungai akibat bangunan tak sesuai RTRK.

Demonstrasi besar-besaran terjadi tanggal 4 November dan 2 Desember dengan isu senada: tuntutan agar gubernur DKI non aktif Basuki Tjahaja urnama (Ahok) ditangkap atas tuduhan penistaan agama. Pidato Ahok di Kepulauan Seribu dalam video yang diedit Buni Yani menyeretnya ke meja hijau menjelang pencalonan pilkada DKI Jakarta. Persidangan Ahok menyedot perhatian publik.

Balita dua tahun Intan Marbun meninggal dunia akibat serangan bom molotov Minggu pagi,13 Desember di Gereja Oikumene Samarinda. Tiga bocah lainnya alami luka bakar. Pelakunya adalah eks narapidana kasus teror bom buku di Jakarta 2011. Selain pelaku, polisi juga menahan 4 orang lain yang diduga terlibat. Diduga mereka anggota kelompok radikal Jamaah Ansharut Daulah yang mendukung ISIS.

Duka kembali selimuti Aceh. Gempa kuat mengguncang Aceh bagian utara pada tanggal 7 Desember. Lebih dari 100 orang terenggut nyawanya. Gempa 6,5 skala Richter ini mengguncang Pidie, Aceh Besar, Sabang, Bireun, dan Lhokseumawe. Ribuan aparat keamanan dan relawan dikerahkan membersihkan puing di daerah terparah. Banyak relawan hanya dilengkapi dengan cangkul atau bekerja dengan tangan telanjang.