Имаше повеќе истраги, кои ја протежираа тезата на завера, но случајот до дененска не е расветлен, ниту за мотивите ниту за нарачателите. Неспорно е само дека пукаше Турчинот Мехмет Али Агџа. Во времето кога се случи атентатот, Агџа имаше 23 години и беше близок до десно радикалното движење „Сиви волци“. Нивна цел беше турскиот народ, од Балканот, преку Средна Азија до Кина да го обединат во една пан - турска држава. Како непријатели на оваа националистичка организаиција важеа Курдите поради посакуваната автономија, Израелците, Грците, Иранците и Американците.

По пукањето на плоштадот Свет Петар, Али Агџа беше уапсен, но за мотивот за неговото дело во текот на годините даваше спротивни изјави. Долго тврдеше дека е единствен сторител, подоцна излегоа неговите врски со бугарската тајна служба. И покрај тоа што никогаш не беше докажано, до денеска постои сомневање дека неговиот налогодавач е од Москва. Се претпоставува дека КГБ им дал налог на тајните служби во тогашната комунистичката држава Бугарија да извршат убиствен напад. Во атентатот требаше да биде ликвидиран неомилениот Папа од Полска поради неговата подршка за синдикалното движење „Солидарност“.

КГБ како нарачател, ова го смета и италијанскиот сенатор и претседател на парламентарниот одбор за разјаснување на случајот, Паоло Ѓузанти. Во мај 2005 година тој за радио Ватикан истакна дека во врска со атентатот не би требало да се следи бугарска, туку црвена, советска трага. Сличен став, на едно бугарско радио изнесе и поранешениот официр во КГБ Олег Гордјевски. За планот за атентантот според него знаеле четири до пет лица, не повеќе. Самиот Папа никогаш не ја подржуваше тезата за бугарска трага. При неговата посета на Бугарија во мај 2002 година тој рече, дека никогаш не верлувал во бугарска поврзаност. Како знак на простување, Папата уште во 1983 година го посети Агџа во римски затвор. Потоа Агџа тврдеше дека на Папата му ја кажал целата вистина за атентатот. Но Папата Јован Павле Втори затоа молчеше до неговата смрт.

Агџа во Италија беше осуден доживотно, но по 19 години беше помилуван од претседателот Карло Азељо Чампи и беше испорачан во Турција каде беше осуден на дополнителни седум години атвор поради убиство на новинарот Абди Ипекчи. Мината недела турски суд донесе одлука Али Агџа да биде условно ослободен. Неговиот адвокат Мехмет Демирбаг не верува дека Агџа мора да стравува за својот живот бидејќи знае премногу. Во разговор за Дојче Веле тој рече:

„За мојот клиент не постои животна опасност по неговото ослободување. Ниту тој, ниту неговорор семејство не добиле закани за убиство.“